Ключевое различие между иерархическим секвенированием и дробовиком для всего генома заключается в том, что при иерархическом секвенировании дробовиком геном разбивается на более крупные фрагменты перед секвенированием, в то время как при секвенировании дробовика всего генома весь геном разбивается на небольшие фрагменты для секвенирования..
Секвенирование - важный метод в молекулярных процессах, особенно в точной идентификации видов. По сути, это метод определения точного порядка нуклеотидов в гене или геноме. Существует множество методов секвенирования. Некоторые из них включают метод Максама Гилберта, метод Сэнгера и автоматизированный метод Сэнгера.
Что такое иерархическая последовательность дробовика?
Иерархическая последовательность дробовика - это один из методов последовательности. Его также называют «секвенированием сверху вниз». Далее этот метод состоит из двух этапов: первый этап - амплификация генома, а второй этап - фрагментация генома. В этом методе геном сначала разрезается на большие фрагменты. Затем следует клонирование этих больших фрагментов в различных хозяев с использованием векторов или искусственных хромосом. Затем эти рекомбинантные векторы объединяют в библиотеку. Во время секвенирования дробовиком рекомбинантные векторные клоны секвенируются индивидуально. Фрагменты в клонах подвергаются рестрикционному расщеплению для дальнейшего уменьшения размера генома, таким образом подвергаясь секвенированию.
Рисунок 01: Иерархическая последовательность дробовика
Во время иерархической последовательности дробовиков большие куски фрагментов должны быть расположены по порядку, прежде чем последовательность дробовиков. Это происходит с помощью молекулярных маркеров, которые добавляются в процессе клонирования.
Иерархическое секвенирование дробовика создает генную карту с низким разрешением. Но он создает упорядоченную карту последовательности. Таким образом, это занимает больше времени, чем прямое секвенирование. Весь процесс затягивается из-за создания библиотеки рекомбинантных векторов. Это тоже трудоемкая техника. Однако в настоящее время методика автоматизирована для облегчения работы.
Что такое секвенирование полного генома?
Полное секвенирование генома - это одноэтапный процесс секвенирования. В этом процессе сначала происходит разрезание всего генома. После этого каждый из этих небольших фрагментов подвергается случайному секвенированию. После завершения секвенирования проводится анализ последовательностей. Во время анализа последовательностей перекрывающиеся последовательности удаляются, и анализ не является упорядоченным процессом. Следовательно, сборка последовательностей является менее эффективным процессом по сравнению с иерархическим секвенированием дробовика. Однако процесс дробового секвенирования всего генома более быстрый, и анализ всего генома может выполняться в одном экземпляре.
Каковы сходства между иерархическим секвенированием и полногеномным дробовиком?
- Иерархическое секвенирование и секвенирование всего генома - это два подхода к секвенированию.
- Оба препарата подвергаются секвенированию по Сэнгеру или автоматизированным методам секвенирования по Сэнгеру.
- Они участвуют в секвенировании фрагментов ДНК и РНК.
- Более того, оба метода важны в молекулярной диагностике и исследовательских целях.
- В настоящее время оба метода автоматизированы или основаны на компьютерах.
- Оба метода основаны на фрагментации генома.
В чем разница между иерархическим секвенированием и секвенированием всего генома?
Иерархическое дробовое секвенирование генерирует фрагменты большего размера по сравнению с полногеномным секвенированием дробовика, которое работает с небольшими фрагментами последовательностей. Итак, в этом ключевое различие между иерархическим секвенированием и секвенированием всего генома. Кроме того, иерархическое секвенирование дробовика состоит из двух основных шагов, в то время как полногеномное секвенирование дробовика состоит из одного основного шага.
Кроме того, еще одно различие между иерархическим и полногеномным секвенированием дробовика заключается в том, что разрешение при секвенировании дробовика всего генома выше по сравнению с иерархическим секвенированием дробовика.
Приведенная ниже инфографика обобщает разницу между иерархическим секвенированием и полногеномным дробовиком.
Резюме – Иерархическое и полногеномное дробовое секвенирование
Иерархическое секвенирование и секвенирование всего генома - это два метода секвенирования больших геномов. Иерархическая последовательность дробовика представляет собой двухэтапный процесс секвенирования, при котором геном разбивается на более крупные фрагменты. Напротив, секвенирование всего генома представляет собой одноэтапное секвенирование, при котором геном разбивается на небольшие фрагменты и секвенируется напрямую. Таким образом, в этом ключевое различие между иерархическим секвенированием и полногеномным дробовиком. Более того, технические аспекты этих двух методов могут различаться.
