Ключевое различие между сходством и идентичностью при выравнивании последовательностей заключается в том, что сходство - это подобие (сходство) между двумя последовательностями в сравнении, а идентичность - это количество символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями.
Биоинформатика - это междисциплинарная область науки, которая в основном включает в себя молекулярную биологию и генетику, информатику, математику и статистику. Выравнивание последовательностей является основным термином в биоинформатике. Это процедура, при которой последовательности ДНК, РНК или белка упорядочиваются для выявления областей сходства, являющихся следствием функционального, структурного или эволюционного родства между последовательностями. В конце выравнивания они будут представлены в виде строк в матрице. Чтобы выровнять одинаковые символы в последовательных столбцах, между остатками присутствуют вставленные пробелы.
Что такое сходство?
Сходство в выравнивании последовательностей - это сходство между двумя последовательностями при сравнении. Этот факт зависит от идентичности последовательностей. Сходство показывает степень, в которой остатки выровнены. Следовательно, подобные последовательности обладают сходными свойствами. В биоинформатике сходство - это инструмент для оценки сходства между двумя белками.
Рисунок 01: Сходство в выравнивании последовательности
Существует два основных этапа процесса выравнивания последовательности. Начальным шагом является попарное выравнивание, которое помогает найти оптимальное выравнивание между двумя последовательностями (включая пробелы) с использованием таких алгоритмов, как BLAST, FastA и LALIGN. Алгоритм сопоставления находит минимальное количество операций редактирования; вставки и замены, чтобы выровнять одну последовательность с другой последовательностью. После парного выравнивания необходимо получить два количественных параметра из каждого парного сравнения. Это тождество и подобие.
Что такое идентичность?
Идентичность в выравнивании последовательности - это количество символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями. Следовательно, пробелы не учитываются при оценке идентичности. Измерение считается относящимся к более короткой последовательности из двух последовательностей. Это существенно подразумевает, что он имеет эффект, когда идентичность последовательности не является транзитивной. Если X=Y и Y=Z, то X не обязательно равно Z. Это выводится с точки зрения меры тождественного расстояния.
Рисунок 02: Идентичность в выравнивании последовательности
Например, X имеет последовательность AAGGCTT, Y имеет последовательность AAGGC и Z имеет последовательность AAGGCAT. Идентичность между X и Y составляет 100% {5 идентичных нуклеотидов / мин [длина (X), длина (Y)]}. Идентичность между Y и Z также составляет 100%. Но идентичность между X и Z составляет всего 85% {(6 идентичных нуклеотидов / 7)}.
Каковы сходства между сходством и идентичностью в выравнивании последовательности?
- И сходство, и идентичность - это два термина, которые мы используем при выравнивании последовательностей.
- Кроме того, они ссылаются на сходство между двумя последовательностями.
- Причем мы выражаем их в виде процентного значения.
В чем разница между сходством и идентичностью в выравнивании последовательности?
Сходство в выравнивании говорит о сходстве между двумя последовательностями при сравнении, в то время как идентичность в выравнивании последовательностей говорит о количестве символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями. Следовательно, это ключевое различие между сходством и идентичностью при выравнивании последовательностей.
Резюме – Сходство и идентичность в выравнивании последовательности
Выравнивание последовательностей помогает идентифицировать области сходства в ДНК, РНК или белке, возникшие в результате функциональных, структурных или эволюционных взаимоотношений между последовательностями. Следовательно, сходство и идентичность являются двумя ключевыми терминами в контексте выравнивания последовательностей. Ключевое различие между этими двумя терминами заключается в том, что сходство - это сходство между двумя последовательностями в сравнении, а идентичность - это количество символов, которые точно совпадают между двумя разными последовательностями. Таким образом, это краткое изложение различий между сходством и идентичностью в выравнивании последовательностей.
