Ключевое различие между молекулярным докингом и подсчетом очков заключается в том, что докинг - это метод, используемый для определения сродства связывания между двумя молекулами, тогда как подсчет очков - это процесс оценки конкретной позы путем подсчета количества благоприятных межмолекулярных взаимодействий.
Термины «молекулярная стыковка» и «оценка» используются в области молекулярного моделирования. Молекулярное моделирование - это метод, используемый для определения возможного расположения различных молекул в данном веществе. Этот метод важен для создания новых стабильных соединений.
Что такое молекулярный докинг?
Молекулярный докинг - это компьютерное моделирование связывания лиганда-кандидата с рецептором. Этот метод предсказывает предпочтительную ориентацию одной молекулы по отношению к другой молекуле, когда они связаны друг с другом с образованием стабильного комплекса. Результаты, полученные с помощью этого метода, можно использовать для прогнозирования силы ассоциации или сродства связывания между двумя молекулами. Здесь также важна функция молекулярного подсчета.
Рисунок 01: Простая диаграмма, показывающая процесс молекулярных взаимодействий в биологических системах
Как правило, этот метод рассматривает биологически значимые молекулы, такие как белки, пептиды, нуклеиновые кислоты, углеводы и липиды. Эти молекулы очень важны, и они играют важную роль в механизмах передачи сигнала в нашем организме. Таким образом, ориентация двух молекул, которые собираются связать для этого процесса передачи сигнала, влияет на тип производимого здесь сигнала. Это означает; молекулярная стыковка важна для определения как силы, так и типа сигнала, производимого во время передачи сигнала в биологических системах.
Кроме того, методы молекулярной стыковки важны при разработке лекарств на основе структуры. Это связано с его предсказуемой конформацией связывания небольших молекул, таких как лиганды, с подходящим сайтом связывания.
Что такое молекулярная оценка?
Молекулярная оценка - это тип математической функции, которая полезна для оценки прогресса стыковки молекул. В области вычислительной химии оценочные функции используются для прогнозирования сродства связывания между двумя молекулами после процесса стыковки. Например, если у нас есть небольшая молекула лекарства в виде частиц и есть биологическая мишень, такая как белок, мы можем оценить сродство лекарства к сайту связывания. Более того, молекулярный скоринг можно использовать для предсказания межмолекулярных взаимодействий между двумя белками или между белком и молекулами ДНК.
Рисунок 02: Краткое описание функции подсчета очков
Основное применение молекулярного скоринга в процессах разработки лекарств, например, виртуальный скрининг, проектирование de novo, оптимизация потенциальных клиентов и т. д.
В чем разница между молекулярной стыковкой и скорингом?
Молекулярная стыковка и оценка важны в молекулярном моделировании. Ключевое различие между молекулярной стыковкой и подсчетом очков заключается в том, что докинг - это метод, используемый для определения сродства связывания между двумя молекулами, тогда как подсчет очков - это процесс оценки конкретной позы путем подсчета количества благоприятных межмолекулярных взаимодействий..
Следующая инфографика суммирует разницу между молекулярной стыковкой и подсчетом очков.
Резюме – Молекулярная стыковка и оценка
Молекулярная стыковка и оценка важны в молекулярном моделировании. Ключевое различие между молекулярной стыковкой и подсчетом очков заключается в том, что докинг - это метод, используемый для определения сродства связывания между двумя молекулами, тогда как подсчет очков - это процесс оценки конкретной позы путем подсчета количества благоприятных межмолекулярных взаимодействий..
