Ключевое различие между LINE и SINE заключается в том, что LINE (длинные вкрапленные ядерные элементы) представляют собой тип более длинных ретротранспозонов без LTR, тогда как SINE (короткие вкрапленные ядерные элементы) представляют собой тип гораздо более коротких ретротранспозонов без LTR.
Ретротранспозоны Non-LTR не содержат длинных терминальных повторов (LTR). Однако они содержат гены обратной транскриптазы, РНК-связывающего белка, нуклеазы и Н-домена рибонуклеазы. Ретротранспозоны без LTR имеют короткие повторы. Эти повторы имеют инвертированный порядок оснований рядом друг с другом. Кроме того, не-LTR-ретротранспозоны также имеют прямые повторы, обнаруженные в LRT-транспозонах. Ретротранспозоны без LTR делятся на две категории: LINE и SINE.
Что такое LINE?
LINE (длинные перемежающиеся ядерные элементы) являются более длинными ретротранспозонами, не относящимися к LTR. Они широко распространены в геномах эукариот. Обычно они составляют 21,1% генома человека. Каждая LINE имеет длину около 7000 пар оснований. LINE могут транскрибироваться в мРНК и транслироваться в белок, который может функционировать как фермент обратной транскриптазы. Эта обратная транскриптаза производит ДНК-копии РНК LINE. Эти копии ДНК могут быть интегрированы в геном в новом месте.
Рисунок 01: LINE и SINE
В геноме человека есть только одна многочисленная ЛИНИЯ, называемая ЛИНИЕЙ-1. Элемент LINE-1 имеет длину около 6000 пар оснований. В геноме человека около 100 000 усеченных элементов LINE-1. Случайная мутация может происходить в LINE. Из-за случайных мутаций LINE могут вырождаться. Они больше не транскрибируются и не переводятся. Кроме того, LINE сгруппированы в пять основных групп, таких как L1, RTE, R2, I и жокей. Эти пять групп далее подразделяются еще на 28 кладов.
LINE обычно размножаются с помощью механизма, называемого механизмом обратной транскрипции с целевым праймированием (TPRT). Вставка LINE вызывает такие заболевания человека, как гемофилия А, рак, менделевские расстройства и т. д. Гипометилирование LINE также вызывает определенные виды рака.
Что такое SINE?
SINE (короткие вкрапленные ядерные элементы) представляют собой тип гораздо более коротких ретротранспозонов, не являющихся LTR. Их длина составляет от 100 до 700 пар оснований. SINE также являются элементами ДНК, которые амплифицируются в эукариотических геномах через промежуточные РНК. SINE составляют около 13% генома млекопитающих. Внутренние области SINE происходят от тРНК. Он остается высококонсервативным. Они часто присутствуют у многих видов позвоночных и беспозвоночных. Изменение числа копий и мутации в SINE могут быть включены для построения классификации видов на основе филогении.
SINE можно разделить на три основных типа: CORE-SINE, V-SINE и AmnSINE. Элемент Alu является наиболее распространенным SINE у приматов. Более того, существует более 50 заболеваний человека, связанных со вставкой SINE. Когда они встраиваются в экзоны или рядом с ними, они могут вызвать неправильный сплайсинг или изменить рамку считывания. Это приводит к таким фенотипам заболевания, как рак молочной железы, рак толстой кишки, лейкемия, гемофилия, муковисцидоз, рак толстой кишки, болезнь Дента, нейрофиброматоз и т. д.
Каковы сходства между LINE и SINE?
- LINEs и SINEsявляются двумя типами не-LTR ретротранспозонов.
- Оба не имеют длинных терминальных областей (LTR).
- Оба преимущественно встречаются только у эукариот.
- Они оба неавтономны.
В чем разница между LINE и SINE?
LINEs являются более длинными ретротранспозонами, не относящимися к LTR, в то время как SINEs являются гораздо более короткими ретротранспозонами, не относящимися к LTR. Итак, это ключевое различие между LINE и SINE. Кроме того, LINES кодирует фермент обратной транскриптазы, тогда как SINE не кодирует фермент обратной транскриптазы. Таким образом, это еще одно различие между LINE и SINE.
Другие различия между LINE и SINE перечислены ниже в табличной форме для параллельного сравнения.
Резюме – LINEs vs SINEs
Ретротранспозоны в основном встречаются у всех эукариот, но отсутствуют у прокариот. Приблизительно 37% генома человека содержат ретротранспозоны. Ретротранспозоны в основном бывают двух типов: ретротранспозоны LTR и ретротранспозоны без LTR. Ретротранспозоны, не являющиеся LTR, не содержат длинных концевых повторов (LTR), которые присутствуют в ретротранспозонах LTR. Ретротранспозоны, не являющиеся LTR, далее делятся на две категории: LINE и SINE. LINE представляют собой более длинные ретротранспозоны без LTR, тогда как SINE представляют собой гораздо более короткие ретротранспозоны без LTR. Таким образом, это краткое изложение различий между LINE и SINE.
