Ключевая разница - Хромосомная ходьба против прыжков
Хромосомное хождение и прыжки по хромосомам - два технических инструмента, используемых в молекулярной биологии для локализации генов на хромосомах и физического картирования геномов. Ходьба по хромосоме - это метод, используемый для клонирования гена-мишени в геномной библиотеке путем многократного выделения и клонирования соседних клонов геномной библиотеки. Хромосомные прыжки - это особая версия хромосомной ходьбы, которая преодолевает точки останова хромосомной ходьбы. Хромосомная прогулка может секвенировать и картировать только небольшие длины хромосом, в то время как хромосомный скачок позволяет секвенировать большие части хромосом. В этом ключевое различие между хромосомным хождением и хромосомным скачком.
Что такое Хромосомная прогулка?
Прогулка по хромосомам - это инструмент, который исследует области неизвестной последовательности хромосом с помощью перекрывающихся рестрикционных фрагментов. При прохождении хромосом часть известного гена используется в качестве зонда и продолжается характеристикой полной длины хромосомы, подлежащей картированию или секвенированию. Это идет от маркера до целевой длины. При прохождении хромосом концы каждого перекрывающегося фрагмента используются для гибридизации, чтобы идентифицировать следующую последовательность.
Зонды получают из концевых фрагментов клонированной ДНК и субклонируют. Затем они используются для поиска следующего перекрывающегося фрагмента. Все эти перекрывающиеся последовательности используются для построения генетической карты хромосомы и определения местоположения генов-мишеней. Это метод анализа длинных участков ДНК с помощью небольших перекрывающихся фрагментов из реконструированной геномной библиотеки.
Техника Хромосомной ходьбы – Шаги
- Выделение фрагмента ДНК, который содержит известный ген или маркер вблизи целевого гена
- Подготовка рестрикционной карты выбранного фрагмента и субклонирование концевой области фрагмента для использования в качестве зонда
- Гибридизация зонда со следующим перекрывающимся фрагментом
- Подготовка рестрикционной карты фрагмента 1 и субклонирование концевой области фрагмента 1 для использования в качестве зонда для идентификации следующего перекрывающегося фрагмента.
- Гибридизация зонда со следующим перекрывающимся фрагментом 2
- Подготовка рестрикционной карты фрагмента 2 и субклонирование концевой области фрагмента 2 в качестве зонда для идентификации следующего перекрывающегося фрагмента
Вышеуказанные шаги следует продолжать до гена-мишени или до 3’-конца общей длины последовательности.
Рисунок 01: Техника прохождения хромосом
Хромосомное блуждание является важным аспектом цитогенетики при поиске SNP многих организмов и анализе генетически передающихся заболеваний и обнаружении мутаций соответствующих генов.
Что такое хромосомный скачок?
Хромосомные прыжки - это метод, используемый в молекулярной биологии для физического картирования геномов организмов. Этот метод был введен для преодоления барьера хромосомного хождения, который возникал при обнаружении повторяющихся участков ДНК в процессе клонирования. Таким образом, технику хромосомных скачков можно рассматривать как особый вариант хромосомного хождения. Это более быстрый метод по сравнению с хромосомным блужданием и позволяет обойти повторяющиеся последовательности ДНК, которые не склонны к клонированию во время хромосомного блуждания. Хромосомный скачок сужает разрыв между геном-мишенью и доступными известными маркерами для картирования генома.
Инструмент Chromosome jumping начинается с разрезания определенной ДНК специальными эндонуклеазами рестрикции и лигирования фрагментов в кольцевые петли. Затем праймер, созданный на основе известной последовательности, используется для секвенирования кольцевых петель. Этот учебник для начинающих позволяет прыгать и секвенировать альтернативным способом. Следовательно, он может обойти повторяющиеся последовательности ДНК и быстро пройтись по хромосоме в поисках целевого гена.
Открытие гена, кодирующего муковисцидоз, было сделано с помощью инструмента хромосомных прыжков. Вместе хромосомные прыжки и ходьба могут улучшить процесс картирования генома.
Рисунок 02: Прыжки хромосом
В чем разница между Хромосомной ходьбой и прыжками?
Хромосомная ходьба против прыжков |
|
| Хромосома - это инструмент, используемый в молекулярной биологии для картирования генома и определения местоположения определенных генов. | Хромосомные прыжки - это инструмент, используемый для физического картирования геномов и быстрого поиска целевых генов в хромосомах. |
| Сравнительная длина секвенирования | |
| Хромосомным ходьбой могут быть клонированы только небольшие фрагменты. | Хромосомы большей длины могут быть нанесены на карту с помощью хромосомных прыжков. |
| Клонирование повторяющейся ДНК в хромосомах | |
| Хромосомная прогулка с трудом проходит через повторяющиеся последовательности ДНК, обнаруженные в хромосомах. | Это позволяет обойти повторяющиеся последовательности ДНК. Поэтому не составляет труда найти их при секвенировании. |
| Факторы, влияющие на процессы | |
| Успех процесса зависит от размера генома и расстояния, которое необходимо «пройти» от известной геномной позиции до желаемого гена. | Успех не зависит от размера генома расстояния от маркера до мишени. |
| Эффекты неклонированной ДНК | |
| Хромосомную ходьбу можно остановить с помощью неклонированных фрагментов ДНК. | Самая низкая нота, которую могут играть пикколо, это D4. |
| Потребность в известной последовательности | |
| Процесс начинается с известного гена рядом с мишенью. | Процесс требует известного фрагмента для проектирования праймера. |
Резюме – Хромосомная ходьба против прыжков
Хромосомное блуждание часто применяется, когда известно, что конкретный ген расположен рядом с ранее клонированным геном в хромосоме и его можно идентифицировать при многократном выделении соседних геномных клонов из геномной библиотеки. Однако при обнаружении повторяющихся участков ДНК во время техники хромосомного хождения процесс не может быть продолжен. Следовательно, техника прерывается с этой точки. Хромосомные скачки - это молекулярно-биологический инструмент, который преодолевает это ограничение для картирования геномов. Он обходит эти повторяющиеся участки ДНК, которые трудно клонировать, и помогает в физическом картировании геномов. В этом главное отличие хромосомного хождения от прыжка.
