Ключевое различие между ITS1 и ITS2 заключается в том, что ITS1 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 18S и 5.8S рРНК у эукариот, а ITS2 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 5.8S и 28S рРНК у эукариот.
Внутренний транскрибируемый спейсер (ITS) представляет собой спейсерную ДНК, обычно расположенную между генами малой субъединицы рибосомной РНК и большой субъединицы рибосомной РНК в хромосоме или в соответствующей транскрибируемой области в молекуле транскрипта-предшественника полицистронной рРНК. У бактерий и архей имеется только одна ITS между генами 16S и 23S рРНК. Но у эукариот есть две спейсерные ДНК ITS: ITS1 (между 18S и 5.гены 8S рРНК) и ITS2 (между 5,8S и 28S рРНК). Таким образом, ITS1 и ITS2 представляют собой две спейсерные ДНК, обнаруженные между генами рРНК у эукариот.
Что такое ITS1?
ITS1 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 18S и 5.8S рРНК у эукариот. ITS относится к фрагменту нефункциональной спейсерной ДНК, расположенной между генами рРНК. ITS1 имеет большую вариацию длины, чем ITS2. Вариация длины ITS1 составляет примерно (200-300 п.н.). Маркеры ITS, такие как ITS1, доказали свою эффективность в выяснении филогенетических взаимоотношений между различными таксонами. Более того, спейсерная ДНК ITS1 менее консервативна, чем спейсерная ДНК ITS2. Структуры ITS1 сохраняются только в гораздо меньших таксономических единицах. Каждый эукариотический рибосомный кластер также содержит области, называемые внешними транскрибируемыми спейсерами (5’- и 3’-ETS).
Рисунок 01: Регион ITS1
ДНК спейсера ITS1 очень близка к 5'-внешнему транскрибируемому спейсеру (5'-ETS). Кроме того, если кто-то хочет амплифицировать область ITS1 для изучения филогенетических отношений, он должен использовать для этой цели специфическую пару праймеров (обратный и прямой праймеры). Для амплификации области ITS1 в лабораторных протоколах ПЦР обычно используются два набора праймеров. Это ITS1 вперед и ITS2 назад или ITS1 вперед и ITS4 назад.
Что такое ITS2?
ITS2 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между 5,8S и 28S генами рРНК у эукариот. Область ITS2 имеет более короткую вариацию длины, чем область ITS1. Изменение длины ITS2 составляет приблизительно (180-240 п.н.). Однако область ITS2 более консервативна, чем область ITS1 во многих таксономических единицах. Он определяет, что все последовательности ITS2 имеют общее ядро вторичной структуры. Более того, 40% области ITS2 консервативны среди всех покрытосеменных растений, в то время как можно выровнять 50% области ITS2 на уровне семейства и выше.
Рисунок 02: Регион ITS2
Независимо от масштабов сохранения, использование области ITS2 также очень популярно, например, области ITS1, в исследованиях филогенетических взаимоотношений, особенно в штрих-кодировании ДНК грибов. Для амплификации области ITS2 в лабораторных протоколах ПЦР обычно используется определенный набор праймеров. Это ITS1 вперед и ITS4 назад. Но когда протокол ПЦР использует этот набор праймеров, он также амплифицирует область ITS1 вместе с областью ITS2. Кроме того, ДНК спейсера ITS2 очень близка к 3'-внешнему транскрибируемому спейсеру (3'-ETS).
Сходства между ITS1 и ITS2
- ITS1 и ITS2 представляют собой две спейсерные ДНК, расположенные между генами рРНК.
- Они есть только у эукариот.
- Оба могут быть амплифицированы с использованием определенных пар праймеров.
- Они оба удаляются при созревании рРНК как нефункциональные побочные продукты.
- Оба очень важны для изучения филогенетических взаимоотношений, особенно при штрих-кодировании ДНК грибов.
Разница между ITS1 и ITS2
ITS1 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 18S и 5,8S рРНК у эукариот, тогда как ITS2 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 5,8S и 28S рРНК у эукариот. Итак, это ключевое различие между ITS1 и ITS2. Кроме того, ITS1 имеет большую вариацию длины по сравнению с ITS2. С другой стороны, ITS2 имеет более короткую вариацию длины по сравнению с ITS1. Это еще одно различие между ITS1 и ITS2.
В приведенной ниже инфографике перечислены различия между ITS1 и ITS2 в табличной форме для параллельного сравнения.
Резюме – ITS1 против ITS2
Внутренняя транскрибируемая область (ITS) представляет собой нефункциональную часть спейсерной ДНК, расположенную между генами рРНК. У бактерий и архей имеется только одна ITS-область. Но у эукариот есть две области ITS: ITS1 и ITS2. ITS1 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 18S и 5,8S рРНК у эукариот, тогда как ITS2 представляет собой спейсерную ДНК, расположенную между генами 5,8S и 28S рРНК у эукариот. Таким образом, это краткое изложение различий между ITS1 и ITS2.
