Ключевое различие между CDS и ORF заключается в том, что CDS представляет собой реальную нуклеотидную последовательность гена, которая транслируется в белок, в то время как ORF представляет собой участок последовательности ДНК, который начинается с сайта инициации трансляции (стартовый кодон) и заканчивается сайт терминации трансляции (стоп-кодон).
Ген имеет кодирующую последовательность (CDS). Он состоит из полных экзонов гена и стартового кодона и стоп-кодона. Это фактическая часть гена, которая транслирует и производит белок. Открытая рамка считывания или ORF представляет собой последовательность нуклеотидов, расположенную между стартовым кодоном и стоп-кодоном. Внутри ORF нет стоп-кодона, прерывающего генетический код, который транслируется в белок. У прокариот CDS и ORF гена одинаковы.
Что такое CDS?
CDS или кодирующая последовательность - это часть гена, которая фактически транслируется в белок. Он состоит из экзонов и двух кодонов, известных как кодон AUG и стоп-кодон. CDS не содержит двух нетранслируемых областей: 5'-UTR и 3'-UTR. Более того, интроны не включены в CDS.
Рисунок 01: Последовательность кодирования
По сравнению со всем геномом человека кодирующие последовательности составляют малую часть. Кодирующая последовательность состоит из необходимой нуклеотидной последовательности, чтобы составить аминокислотную последовательность белка. Следовательно, CDS представляют собой концентрированные экзоны, которые можно разделить на триплеты нуклеотидов или кодоны. Кодоны дают начало аминокислотам.
Что такое ORF?
Открытая рамка считывания или ORF представляет собой непрерывный участок нуклеотидной последовательности, который начинается со стартового кодона и заканчивается стоп-кодоном. Проще говоря, ORF относится к области нуклеотидной последовательности, расположенной между стартовым и стоп-кодоном. Между ними нет стоп-кодона, прерывающего ORF. Последовательность нуклеотидов между стартовым и стоп-кодоном кодирует аминокислоты. Как правило, стартовый кодон - это ATG, а стоп-кодоны - это TAG, TAA и TGA. ORF дает функциональный белок при транскрипции и трансляции. Следовательно, ORF включает в себя стартовый кодон, несколько кодонов в средней области и стоп-кодон. Интересно, что ORF имеет длину, которую можно разделить на три.
Рисунок 02: Открытая рамка считывания
У прокариот, поскольку нет интронов, ORF представляет собой кодирующую последовательность гена, который транскрибируется непосредственно в мРНК. Следовательно, CDS и PRF у прокариот одинаковы. При поиске генов у прокариот легко обнаружить ORF и найти ген у прокариот. У эукариот, поскольку есть интроны, ORF представляет собой последовательность кодонов, которая образуется после процессинга или сплайсинга РНК. ORF - это доказательство, которое помогает предсказанию генов, поскольку длинная ORF, вероятно, является частью гена.
Каковы сходства между CDS и ORF?
- У прокариот CDS и ORF одинаковы.
- Оба имеют стартовый кодон и стоп-кодон.
- У них есть количество нуклеотидов, которое можно разделить на три.
- После трансляции они производят аминокислотные последовательности.
В чем разница между CDS и ORF?
CDS - это фактическая часть гена, которая транслируется в белок, а ORF - это участок ДНК между стартовым кодоном и стоп-кодоном. Итак, это ключевое различие между CDS и ORF. Кроме того, CDS не содержит интронов, но ORF может содержать интроны. CDS полностью транскрибируется в полную последовательность мРНК, в то время как ORF может быть частью последовательности мРНК. Таким образом, это еще одно отличие CDS от ORF.
Ниже в инфографике представлены различия между CDS и ORF.
Резюме – CDS против ORF
CDS и ORF являются двумя важными частями гена. CDS относится к фактической области ДНК, которая транслируется в белок. ORF представляет собой последовательность ДНК, которая начинается со стартового кодона «ATG» и заканчивается любым из трех терминирующих кодонов (TAA, TAG или TGA). ORF может быть частью полной мРНК гена. Однако кодирующая последовательность гена транскрибируется до полной последовательности мРНК. Все CDS являются ORF. Но не все ORF являются CDS. Таким образом, это суммирует разницу между CDS и ORF.
