Ключевая разница - перевод Ника и расширение Primer
Ник-трансляция и удлинение праймера - два важных метода, применяемых в молекулярной биологии. Ключевое различие между ник-трансляцией и удлинением праймера заключается в том, что в процессе ник-трансляции образуются меченые зонды для других методов гибридизации, в то время как метод удлинения праймера идентифицирует конкретную последовательность РНК из смеси и раскрывает информацию об экспрессии мРНК. Оба метода имеют большое значение и регулярно применяются в лабораториях молекулярных исследований.
Что такое Nick Translation?
Ник-трансляция является важным методом, используемым для приготовления меченых зондов для различных молекулярно-биологических методов, таких как блоттинг, гибридизация in situ, флуоресцентная гибридизация in situ и т. д. Это метод маркировки ДНК in vitro. ДНК-зонды используются для идентификации конкретных последовательностей ДНК или РНК. С помощью меченого зонда можно пометить или визуализировать определенные фрагменты из сложной смеси нуклеиновых кислот. Таким образом, меченые зонды готовят с использованием различных методов, которые будут использоваться для разных методов. Трансляция Ника является одним из таких методов, который позволяет получать меченые зонды с помощью ферментов ДНКазы 1 и ДНК-полимеразы 1.
Процесс трансляции ник начинается с активности фермента ДНКазы 1. ДНКаза 1 вносит разрывы в фосфатный остов двухцепочечной ДНК, расщепляя фосфодиэфирные связи между нуклеотидами. Как только разрыв будет создан, свободная 3'-ОН группа нуклеотида будет уступать, и на нее будет воздействовать фермент ДНК-полимераза 1. Экзонуклеазная активность ДНК-полимеразы 1 с 5’ на 3’ удаляет нуклеотиды из разрыва в направлении 3’ цепи ДНК. Одновременно работает полимеразная активность фермента ДНК-полимеразы 1, который добавляет нуклеотиды взамен удаленных нуклеотидов. Если нуклеотиды были помечены, замена произойдет на помеченные нуклеотиды, и это пометит ДНК для идентификации. Эта вновь синтезированная меченая ДНК может использоваться в качестве зонда в различных реакциях гибридизации в молекулярной биологии.
Рисунок 01: Процесс перевода ника
Что такое Primer Extension?
Удлинение праймера - это метод, который используется для поиска определенной последовательности РНК из смеси РНК и локализации 5’-конца транскрипта мРНК. Он также используется для изучения структуры РНК и экспрессии. Метод удлинения праймера осуществляется мечеными праймерами или мечеными нуклеотидами. Использование меченых праймеров исключает необходимость мечения нуклеотидов, используемых для синтеза кДНК. В этой технике есть несколько шагов. Он начинается с выделения РНК из образца. Затем к смеси добавляют меченый олигонуклеотидный праймер вместе с необходимыми ингредиентами для синтеза кДНК определенной последовательности РНК. Праймеры отжигаются с комплементарной последовательностью из смеси. Используя отожженную последовательность праймера в качестве матрицы, фермент обратная транскриптаза синтезирует комплементарную ДНК (кДНК) последовательности РНК. Отжиг праймеров и обратная транскрипция происходят только тогда, когда в образце присутствует специфическая последовательность РНК. Наконец, при проведении денатурирующего гель-электрофореза можно определить размер последовательности РНК. Также легко найти +1 основание последовательности мРНК (сайт инициации транскрипции) методом удлинения праймера. Количество мРНК, присутствующей в образце, можно количественно определить с помощью этого метода, если используется избыток праймера.
Рисунок 02: Удлинение праймера
В чем разница между Nick Translation и Primer Extension?
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Ник-трансляция - это процесс, при котором создаются меченые ДНК-зонды для различных реакций гибридизации. | Удлинение праймера - это метод, используемый для поиска конкретной РНК или изучения экспрессии генов. |
| Используемые ферменты | |
| Используются ферменты ДНКаза 1 и ДНК-полимераза. | Используется фермент обратной транскриптазы. |
| Важность | |
| Nick-трансляция облегчает маркировку определенной последовательности ДНК. | Удлинение праймера позволяет определить размер последовательности мРНК и ее количество в образце. |
Резюме – Перевод Ника против расширения Primer
Ник-трансляция - это метод, используемый для синтеза меченых зондов на основе активности ферментов ДНКазы 1 и ДНК-полимеразы 1 кишечной палочки. Это метод in vitro, используемый в лабораториях до различных методов гибридизации. Во время трансляции ник 5'-3' экзонуклеазная активность ДНК-полимеразы 1 удаляет нуклеотиды перед ником, а полимеразная активность ДНК-полимеразы 1 заменяет удаленные нуклеотиды мечеными нуклеотидами за ником. Удлинение праймеров - это метод, который используется для обнаружения специфического транскрипта РНК из смеси и количественного определения размера и количества интересующей РНК. В этом разница между переводом ника и расширением праймера.
