Ключевая разница - прямой и обратный праймер
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - это метод амплификации ДНК, который используется в молекулярно-биологических приложениях. Это широко используемый метод, позволяющий создавать от миллионов до миллиардов копий интересующей последовательности ДНК. Это метод in vitro, выполняемый в лабораториях. Техника ПЦР полностью зависит от коммерчески производимой ДНК-полимеразы, называемой Taq-полимеразой. А также требует нескольких других компонентов и правильного поддержания температуры. Одним из важных компонентов являются грунтовки. Праймеры представляют собой короткие последовательности ДНК, специально предназначенные для целевой последовательности ДНК. Обычно они имеют длину около 20 нуклеотидов. Taq-полимераза катализирует добавление нуклеотидов в уже существующую нуклеотидную последовательность. Следовательно, праймеры служат отправной точкой для синтеза новых цепей. Taq-полимераза работает только в направлении от 5’ к 3’, следовательно, синтез ДНК происходит в том же направлении от 5’ к 3’. Поскольку ДНК двухцепочечная, в ПЦР необходимы два типа праймеров. Они известны как прямой праймер и обратный праймер. Прямые и обратные праймеры называются в зависимости от направления удлинения праймера в ДНК, когда происходит синтез ДНК. Прямой праймер отжигает антисмысловую цепь ДНК и инициирует синтез +ve цепи гена в направлении от 5’ к 3’. Обратный праймер отжигается со смысловой цепью и инициирует синтез комплементарной цепи кодирующей цепи; который представляет собой цепь гена в направлении от 5’ к 3’. В этом ключевое различие между прямым и обратным праймерами.
Что такое форвард-праймер?
Прямая ориентация – это синтез кодирующей или смысловой цепи гена. Taq-полимераза катализирует синтез новой цепи в направлении от 5’ к 3’. Синтез кодирующей цепи происходит, когда праймер отжигается с некодирующей или антисмысловой цепью и удлиняется в направлении от 5’ к 3’.
Рисунок 01: Прямой и обратный праймеры
Праймер, который отжигается с антисмысловой цепью, некодирующей цепью или матричной цепью, известен как прямой праймер, поскольку прямой праймер действует как отправная точка для синтеза кодирующей или положительной цепи гена. Прямой праймер имеет короткую нуклеотидную последовательность, комплементарную 3’-концу антисмысловой цепи. Он гибридизуется с антисмысловой цепью и помогает Taq-полимеразе добавлять нуклеотиды, комплементарные матричной цепи.
Что такое обратный праймер?
Обратный праймер - это короткая последовательность ДНК, которая отжигается с 3’-концом смысловой или кодирующей цепи. Обратный праймер служит отправной точкой для синтеза комплементарной цепи кодирующей последовательности или некодирующей последовательности. Обратный праймер комплементарен 3'-концу кодирующей цепи. Следовательно, он отжигается с фланкирующим 3'-концом кодирующей цепи и позволяет Taq-полимеразе синтезировать антисмысловую цепь или матричную цепь. Поскольку его ориентация обратная, этот праймер помечен как обратный праймер.
Обратные и прямые праймеры важны для производства от миллионов до миллиардов копий определенных областей ДНК, которые являются мишенями или представляют интерес.
Каковы сходства между прямым и обратным праймером?
- Прямой и обратный праймеры состоят из олигонуклеотидов.
- И прямой, и обратный праймеры обладают короткой последовательностью нуклеотидов, комплементарной фланкирующим концам двойных цепей ДНК.
- И прямой, и обратный праймеры обычно состоят из 20 нуклеотидов.
- И прямой, и обратный праймеры используются в полимеразных цепных реакциях.
- И прямые, и обратные праймеры синтезируются на коммерческой основе.
- Прямой и обратный праймеры устойчивы к температуре и обычно имеют одинаковую Tm.
- Прямые и обратные праймеры отжигаются с целевыми последовательностями ДНК.
- Прямые и обратные праймеры разработаны в соответствии с реакциями ПЦР.
- И прямой, и обратный праймеры служат отправной точкой для амплификации ДНК.
- Обратные и прямые праймеры важны для производства миллионов копий определенных участков целевой или интересующей последовательности ДНК.
В чем разница между прямым и обратным праймером?
Прямой праймер против обратного праймера |
|
| Прямой праймер - это короткая последовательность ДНК, которая гибридизуется с 3’-концом некодирующей или матричной цепи гена и служит отправной точкой для синтеза кодирующей последовательности. | Обратный праймер - это короткая последовательность ДНК, которая гибридизуется с 3’-концом кодирующей или нематричной цепи и служит отправной точкой для синтеза некодирующей последовательности. |
| Отжиг Стренги | |
| Прямой праймер отжигает с нитью шаблона. | Обратный праймер отжигает с нематричной нитью. |
| Результирующая новая последовательность | |
| Прямой праймер облегчает синтез кодирующей последовательности. | Обратный праймер облегчает синтез некодирующей последовательности. |
Резюме – Прямой и обратный пример
В методике ПЦР используются два типа праймеров. Это прямые и обратные праймеры. В зависимости от удлинения праймера при синтезе новой цепи ДНК эти праймеры маркируются или называются. Taq-полимераза синтезирует новую ДНК с ориентацией от 5’ к 3’. Следовательно, праймеры разработаны как комплементарные 3'-концам двойных цепей. Прямой праймер, который удлиняется в направлении от 5’ к 3’, гибридизуется с 3’-концом антисмысловой или матричной последовательности, или некодирующей последовательности. Он служит отправной точкой для синтеза кодирующей последовательности. Обратный праймер, который удлиняется в направлении от 5’ к 3’, гибридизуется с 3’-концом кодирующей или нематричной или смысловой цепи. Он служит отправной точкой для синтеза некодирующей последовательности. В этом разница между прямым и обратным праймером.
