Основное различие между праймером и промотором заключается в том, что праймер представляет собой коммерчески синтезированную короткую последовательность ДНК, которая используется в ПЦР для амплификации целевой последовательности ДНК, а промотор представляет собой специфическую последовательность ДНК, которая обеспечивает безопасный начальный сайт связывания для РНК. полимераза и факторы транскрипции, чтобы инициировать транскрипцию.
Праймер и промотор представляют собой два типа последовательностей ДНК. Праймер - это небольшой фрагмент ДНК, необходимый для проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР). Он имеет короткие последовательности нуклеотидов, комплементарные фланкирующему концу цепи ДНК. Существует два типа праймеров, и они служат отправной точкой для синтеза новых цепей ДНК. Напротив, промотор представляет собой специфическую последовательность ДНК, расположенную выше по течению от сайта инициации транскрипции гена. Он напрямую взаимодействует с компонентами механизма транскрипции, такими как РНК-полимераза и факторы транскрипции, чтобы контролировать транскрипцию ДНК. Следовательно, РНК-полимераза и другие факторы транскрипции связываются с последовательностью промотора и инициируют транскрипцию.
Что такое праймер?
Праймеры представляют собой короткие последовательности ДНК, предназначенные для амплификации целевых последовательностей ДНК. Структурно они обладают короткими последовательностями нуклеотидов, комплементарными фланкирующим концам двойных цепей ДНК. Обычно они имеют длину около 20 нуклеотидов. Во время ПЦР Taq-полимераза катализирует добавление нуклеотидов в уже существующую нуклеотидную последовательность. Следовательно, праймеры служат отправной точкой для синтеза новых цепей. Taq-полимераза работает только в направлении от 5’ к 3’. Следовательно, синтез ДНК также происходит в том же направлении от 5’ к 3’. Поскольку ДНК двухцепочечная, в ПЦР необходимы два типа праймеров. Они известны как прямой праймер и обратный праймер в зависимости от направления удлинения праймера во время синтеза ДНК.
Рисунок 01: Праймеры
Прямой праймер отжигает антисмысловую цепь ДНК и инициирует синтез + цепи гена в направлении от 5’ к 3’. Он имеет короткую нуклеотидную последовательность, комплементарную 3’-концу антисмысловой цепи. Обратный праймер отжигается со смысловой цепью и инициирует синтез комплементарной цепи кодирующей цепи, которая представляет собой цепь гена в направлении от 5’ к 3’. Таким образом, обратный праймер комплементарен 3'-концу кодирующей цепи. Как обратные, так и прямые праймеры важны для производства от миллионов до миллиардов копий определенных областей ДНК, которые являются целевыми или интересующими.
Кто такой промоутер?
Промотор представляет собой последовательность ДНК, расположенную выше или на 5'-конце сайта инициации транскрипции гена. Он обеспечивает сайт связывания РНК-полимеразы и некоторых регуляторных элементов для инициации транскрипции гена. Это регуляторная последовательность, необходимая для включения или выключения гена. В промоторе имеется определенная последовательность нуклеотидов. Он может иметь 100–1000 пар оснований. Промотор показывает направление транскрипции. Кроме того, он указывает на смысловую нить, которую следует транскрибировать.
Рисунок 02: Промотор гена
Существует три типа промоторных элементов: основной промотор, проксимальный промотор и дистальный промотор. Основной промотор представляет собой минимальную часть промотора, необходимую для инициации транскрипции. Он расположен ближе всего к стартовому кодону. ТАТА-бокс представляет собой консервативную область, обнаруженную во многих эукариотических основных промоутерах. Он находится на 25–35 пар оснований выше сайта начала транскрипции. Проксимальный промотор находится выше основного промотора. Как правило, он расположен на 250 пар оснований выше стартового кодона и содержит первичные регуляторные элементы. Дистальный промотор находится выше проксимального промотора и содержит дополнительные регуляторные элементы. Бактериальные промоторы имеют в своих промоторах два элемента с короткой последовательностью. TATAAT представляет собой консенсусную последовательность, расположенную в положении -10 бактериального промотора, тогда как TTGACA представляет собой консенсусную последовательность в положении -35. Они известны как элемент -10 и элемент -35.
В чем сходство между праймером и промоутером?
- Праймер и промотор представляют собой два типа последовательностей ДНК.
- Они состоят из последовательностей нуклеотидов.
- И праймер, и промотор важны для экспрессии генов.
В чем разница между праймером и промоутером?
Праймер представляет собой короткую последовательность нуклеотидов, предназначенную для амплификации ДНК-мишени. Напротив, промотор представляет собой специфическую регуляторную последовательность ДНК, расположенную выше сайта инициации транскрипции гена. Итак, в этом ключевое различие между праймером и промотором. Праймеры имеют длину около 20 пар оснований, тогда как промотор может иметь длину от 100 до 1000 пар оснований. Функционально праймеры служат исходными последовательностями для синтеза новой цепи, в то время как промоторы контролируют транскрипцию генов, предоставляя сайты связывания для РНК-полимеразы и других факторов транскрипции.
Более того, промотор определяется как направление транскрипции и указывает на смысловую цепь гена. Структурно праймер представляет собой короткую одноцепочечную последовательность ДНК, а промотор - длинную двухцепочечную последовательность ДНК.
Приведенная ниже инфо-графика содержит больше сравнений, связанных с разницей между праймером и промотором.
Резюме – Primer vs Promoter
Праймеры представляют собой короткие последовательности нуклеотидов, комплементарные фланкирующим концам двухцепочечной ДНК-мишени. В ПЦР используются два типа праймеров. Они служат стартовыми последовательностями для синтеза новых цепей. Праймеры коммерчески разработаны, и они представляют собой термостабильные последовательности. С другой стороны, промотор представляет собой регуляторную последовательность гена, расположенную выше сайта инициации транскрипции. Промоторы контролируют транскрипцию генов. Они обеспечивают сайты связывания для РНК-полимеразы и факторов транскрипции, чтобы инициировать транскрипцию. Таким образом, это краткое изложение различий между праймером и промотором.
