Ключевая разница - зонд против праймера
Молекулярный зонд представляет собой небольшой фрагмент ДНК или РНК, который распознает комплементарные последовательности в ДНК или РНК и позволяет идентифицировать последовательность-мишень. Праймер - это небольшой участок ДНК или РНК, который служит отправной точкой для синтеза ДНК. Праймеры и зонды гибридизуются с комплементарными нуклеотидами матричной ДНК или ДНК-мишени. Однако ключевое различие между зондом и праймером заключается в том, что праймеры необходимы для репликации ДНК, а зонды необходимы для обнаружения определенных последовательностей в образце ДНК.
Что такое зонд?
Зонд представляет собой небольшой фрагмент ДНК или РНК, используемый для обнаружения целевой ДНК или РНК в образце путем молекулярной гибридизации. Они также известны как молекулярные маркеры. Длина зонда может варьироваться (от 100 до 1000 оснований), а нуклеотиды зонда комплементарны части последовательности-мишени. Для простоты обнаружения зонды метят радиоактивными изотопами или флуоресцентными красителями или антителами. Зонды связываются с комплементарными основаниями целевой последовательности и выявляют присутствие целевой ДНК или РНК в образце. Существует два основных метода маркировки зондов: маркировка концов и трансляция никнеймов. Зонды подразделяются на различные типы, включая ДНК-зонды, РНК-зонды, кДНК-зонды и зонды на основе синтетических олигонуклеотидов, и они готовятся с использованием различных методов.
Зонды являются важными инструментами во многих микробных и молекулярных областях, таких как вирусология, судебная патология, тестирование отцовства, снятие отпечатков пальцев ДНК, обнаружение генетических заболеваний, RFLP, молекулярная цитогенетика, гибридизация in situ и т. д.
Рисунок 01. Зонд с флуоресцентной меткой, используемый в FISH для обнаружения патогенов
Что такое праймер?
Праймер представляет собой короткий фрагмент ДНК или РНК, который служит инициатором синтеза ДНК. Фермент ДНК-полимераза добавляет нуклеотиды к 3’-ОН группе последовательности праймера и синтезирует новую цепь, комплементарную матричной ДНК. Праймеры представляют собой очень короткие фрагменты длиной от 18 до 20 нуклеотидов. Они химически синтезируются в лаборатории для амплификации ДНК in vitro (ПЦР). Праймеры могут иметь любую последовательность нуклеотидов, поскольку они разработаны пользователем. Они синтезируются так, чтобы соответствовать комплементарным основаниям матричной ДНК. Следовательно, он может иметь любую последовательность нуклеотидов. Праймеры имеют первостепенное значение для репликации ДНК, поскольку ДНК-полимераза не может синтезировать новую ДНК без ранее существовавшего фрагмента ДНК. При разработке праймеров для ПЦР необходимо учитывать следующее:
- Праймеры должны содержать нуклеотиды, комплементарные фланговому концу ДНК, который необходимо амплифицировать.
- Грунтовки должны иметь температуру плавления от 55 до 65 0C
- Содержание G и C должно быть от 50 до 60%.
Два праймера используются в ПЦР как прямой и обратный для репликации обеих цепей ДНК образца. Праймеры обычно используются для проведения ПЦР и секвенирования ДНК.
Рисунок 02: Отжиг праймеров в ПЦР
В чем разница между Probe и Primer?
Probe vs Primer |
|
| Зонд - это небольшой фрагмент ДНК/РНК, используемый для обнаружения наличия целевой последовательности в образце путем молекулярной гибридизации. | Праймер - это небольшой участок ДНК или РНК, который служит отправной точкой для репликации ДНК. |
| Функция | |
| Определяет наличие определенной последовательности в образце ДНК или РНК. | Это служит отправной точкой для синтеза ДНК. |
| Длина | |
| Длина может быть в диапазоне от 100 до 1000 оснований | Длина обычно составляет около 18-20 оснований |
| Связывание с дополнительной последовательностью | |
| Зонд гибридизуется с комплементарными основаниями целевой последовательности | Праймер отжигает с комплементарными основаниями цепей ДНК. |
| Маркировка | |
| Датчики помечены для облегчения обнаружения | Праймеры обычно не маркируются |
| Использование в ПЦР | |
| Датчики не используются в ПЦР | Праймеры используются в ПЦР |
Резюме – Probe vs Primer
Зонд представляет собой небольшой фрагмент последовательности ДНК или РНК, который можно гибридизовать с комплементарными нуклеотидами для обнаружения целевой последовательности в образце. Зонды метят радиоактивно, иммунологически или флуоресцентно, чтобы увидеть наличие целевой последовательности. Праймер - это очень маленький фрагмент ДНК или РНК, который служит отправной точкой для амплификации ДНК in vitro. ДНК-полимераза идентифицирует праймер 3’-группы ОН и инициирует построение новой цепи, комплементарной матрице. Зонды и праймеры работают одинаково, гибридизуясь с комплементарными нуклеотидами. Таким образом, ключевое различие между зондом и праймером заключается в их основной функции.
