Ключевое различие между MLVA и MLST заключается в том, что MLVA использует полиморфизм тандемно повторяющихся последовательностей ДНК для характеристики микробных видов, в то время как MLST использует полиморфизм последовательностей ДНК внутренних фрагментов нескольких генов домашнего хозяйства для характеристики микробных видов.
Микротипирование обычно используется для определения источника и путей заражения. Это подтверждает или исключает вспышки. Микробное типирование также отслеживает перекрестную передачу патогенов, связанных с оказанием медицинской помощи, и распознает вирулентные штаммы. Кроме того, микробное типирование оценивает эффективность мер борьбы с патогенными микробными видами. MLVA и MLST - это два молекулярно-биологических метода, используемых для микробного типирования.
Что такое MLVA?
Анализ множественных локусов VNTR (MLVA) - это молекулярно-биологический метод, использующий полиморфизм тандемно повторяющихся последовательностей ДНК для характеристики микробных видов. Это метод, используемый для генетического анализа определенных видов микробов.
Во время первого этапа MLVA каждый целевой локус VNTR амплифицируется с помощью ПЦР с фланкирующими специфическими для региона праймерами. Затем полученные фрагменты разделяют по размеру с помощью электрофореза на капиллярном секвенаторе. Генотипирование каждого локуса и результаты, собранные по каждому образцу, позволяют охарактеризовать микроорганизм, вид которого известен. Это также позволяет идентифицировать подвиды путем типирования аллелей и сравнения с базами данных MLVA.
Рисунок 01: MLVA
Этот метод MLVA является более селективным, чем метод MLST. Кроме того, метод MLVA не требует этапа секвенирования ДНК. Таким образом, он позволяет дифференцировать близкие подвиды или виды-клоны.
Что такое MLST?
Многолокусное типирование последовательностей (MLST) - это метод, который использует полиморфизм последовательностей ДНК внутренних фрагментов нескольких генов «домашнего хозяйства» для характеристики микробных видов. MLST - это метод генетического анализа для типирования нескольких локусов.
Рисунок 02: MLST
Это тип типирования последовательности, используемый в качестве эталонного метода для различения различных штаммов микробных видов. Этот метод основан на секвенировании генов домашнего хозяйства. Гены домашнего хозяйства обычно кодируют основные белки микробных агентов, таких как бактерии. Эти последовательности генов домашнего хозяйства имеют особенность представлять стабильный полиморфизм с течением времени. Следовательно, различий в последовательностях генов домашнего хозяйства достаточно, чтобы отличить штаммы друг от друга. Кроме того, первой разработанной схемой MLST была Neisseria meningitidis, возбудитель менингококкового менингита и септицемии. С момента своего появления MLST использовался не только для патогенов человека, но и для патогенов растений.
В чем сходство между MLVA и MLST?
- MLVA и MLST - это два молекулярно-биологических метода, используемых в микробном типировании.
- Оба метода могут быть использованы для микробного филогенетического анализа.
- Оба метода основаны на генетическом полиморфизме.
- Они могут быть использованы для выявления заболеваний человека, вызываемых микробными патогенами.
- Оба метода должны выполняться опытными молекулярными биологами.
В чем разница между MLVA и MLST?
MLVA - это метод, использующий полиморфизм тандемно повторяющихся последовательностей ДНК для характеристики микробных видов. Между тем, MLST - это метод, который использует полиморфизм последовательностей ДНК внутренних фрагментов нескольких генов домашнего хозяйства для характеристики микробных видов. Таким образом, в этом ключевое отличие MLVA от MLST. Кроме того, метод MLVA более селективен, чем метод MLST.
Приведенная ниже инфографика представляет различия между MLVA и MLST в табличной форме для параллельного сравнения.
Резюме – MLVA против MLST
MLVA и MLST - это два молекулярно-биологических метода, используемых в микробном типировании. MLVA использует полиморфизм тандемно повторяющихся последовательностей ДНК для характеристики микробных видов, в то время как MLST использует полиморфизм последовательностей ДНК внутренних фрагментов нескольких генов домашнего хозяйства для характеристики микробных видов. Итак, в этом ключевое отличие MLVA от MLST.
