Ключевая разница - AFLP против RFLP
Исследования ДНК имеют огромное значение для понимания и определения филогенетических взаимоотношений, диагностики генетических заболеваний и картирования геномов организмов. Несколько методов, связанных с анализом ДНК, также используются для идентификации определенного гена или последовательности ДНК в пуле неизвестной ДНК. Они известны как молекулярные маркеры. Полиморфизм длины амплифицированных фрагментов (AFLP) и полиморфизм длин рестрикционных фрагментов (RFLP) являются двумя такими молекулярными маркерами (методами), разработанными в молекулярной биологии для обнаружения генетической изменчивости между организмами. Оба метода одинаково важны и имеют как преимущества, так и недостатки. Ключевое различие между AFLP и RFLP заключается в том, что AFLP включает селективную ПЦР-амплификацию расщепленной ДНК, в то время как RFLP не включает селективную ПЦР-амплификацию фрагментов ДНК.
Что такое AFLP?
AFLP (полиморфизм длин амплифицированных фрагментов) является важным инструментом в молекулярной биологии и широко используется в анализе генетической изменчивости. AFLP основан на специфической ПЦР-амплификации фрагментированной геномной ДНК и обнаружении полиморфизма с помощью авторадиографии с помощью гель-электрофореза. AFLP вносит большой вклад в выявление генетических различий в штаммах или близкородственных видах различных царств, включая растения, животных, бактерии и грибы. AFLP можно проводить с небольшим количеством неизвестных образцов ДНК. Он не требует предварительного знания последовательности и разработки зондов.
Шаги AFLP
- Выделение ДНК
- Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции
- Лигирование рестриктированных фрагментов ДНК с адаптерами
- Селективная амплификация фрагментов со специфическими сайтами рестрикции
- Разделение продуктов ПЦР методом гель-электрофореза
- Визуализация гелевой матрицы радиоавтографом
AFLP является более чувствительным и воспроизводимым методом, который можно использовать для профилирования ДНК нескольких таксонов, включая грибы, бактерии, растения и животных, без предварительного знания последовательностей ДНК. Это помогает выявить небольшие различия между людьми в популяциях из-за его очень чувствительного характера. AFLP также важен для картирования генома, судебно-медицинских исследований, тестирования родителей, генотипирования и т. д.
Рисунок 01: AFLP
Что такое RFLP?
Полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) - это метод, который используется для обнаружения генетических вариаций в гомологичных последовательностях ДНК. Это первый метод, разработанный для профилирования ДНК. Организмы имеют уникальные отпечатки ДНК или профили ДНК. RFLP служит важным инструментом для анализа различий между профилями ДНК внутривидовых или близкородственных организмов, поскольку гомологичные последовательности имеют разные сайты рестрикции (местоположения), уникальные для конкретного организма. Когда гомологичная ДНК расщепляется специфическими эндонуклеазами рестрикции, это приводит к различным профилям ДНК, которые уникальны для каждого человека. Таким образом, принципом этого метода является обнаружение генетической изменчивости среди организмов путем рестрикции гомологичной ДНК специфическими ферментами рестрикции и анализ полиморфизма длин фрагментов с помощью гель-электрофореза и блоттинга. Паттерны блоттинга уникальны для каждого организма и характеризуют конкретные генотипы.
Этапы RFLP
- Выделение достаточного количества ДНК из образцов
- Фрагментация образцов ДНК специфическими эндонуклеазами рестрикции на короткую последовательность
- Разделение полученных фрагментов разной длины с помощью электрофореза в агарозном геле.
- Перенос профиля геля на мембрану с помощью Саузерн-блоттинга
- Гибридизация мембраны с мечеными зондами и анализ полиморфизма длин фрагментов в каждом профиле
RFLP – очень важная методика для выявления наследственности заболевания и выявления риска возникновения заболевания среди членов семьи. RFLP также часто используется при картировании генома, выявлении преступников в судебно-медицинской экспертизе, тестировании отцовства и т. Д. RFLP также имеет несколько ограничений. RFLP требует предварительного знания данных о последовательности для разработки зондов для гибридизации. Это также требует выделения достаточного количества ДНК из образца для анализа, что сложно в судебно-медицинских исследованиях.
Рисунок 01: Отображение RRFLP
В чем разница между AFLP и RFLP?
ALFP против RFLP |
|
| AFLP включает селективную ПЦР-амплификацию расщепленной ДНК. | ПДРФ не включает ПЦР, если это не ПЦР-ПДРФ. |
| Знание последовательности | |
| Предварительные знания последовательности не требуются. | Для разработки зондов RFLP требуется предварительное знание последовательности. |
| Надежность | |
| Это надежнее. | Это менее надежно по сравнению с AFLP. |
| Эффективность обнаружения полиморфизма | |
| Это имеет более высокую эффективность в обнаружении полиморфизма, чем RFLP. | Это менее эффективно по сравнению с AFLP. |
| Стоимость | |
| Это немного дороже по сравнению с RFLP. | Это дешевле по сравнению с AFLP. |
| Приложения | |
| AFLP применялись для картирования генома, снятия отпечатков пальцев ДНК, исследований генетического разнообразия, проверки отцовства и судебной экспертизы | RFLP-анализ является важным инструментом картирования генома, локализации генов генетических нарушений, определения риска заболевания и тестирования на отцовство. |
Резюме – AFLP против RFLP
AFLP и RFLP - это два метода, используемые в качестве генетических маркеров для оценки разнообразия и оценки генетических взаимоотношений в молекулярной биологии. AFLP служит более эффективным и чувствительным методом обнаружения генетического полиморфизма между организмами, чем RFLP. Однако, несмотря на то, что оба эти метода имеют разную эффективность при обнаружении генетических вариаций, они по-прежнему используются для ДНК-дактилоскопии и диагностики заболеваний.
