Ключевая разница - Exome против Transcriptome
Ген содержит в себе кодирующие и некодирующие участки. Кодирующие последовательности известны как экзоны, а некодирующие последовательности известны как интроны. Нуклеотидная последовательность экзонов гена представляет собой генетический код гена для синтеза определенного белка. Следовательно, экзоны остаются в молекуле мРНК. Общая экзонная область генома известна как экзом и является важной частью генома. Генетический код генов преобразуется в генетический код молекулы мРНК, необходимой для производства белка. Целые молекулы мРНК, транскрибируемые в клетке или клеточной популяции за раз, известны как транскриптом. Ключевое различие между экзомом и транскриптомом заключается в том, что экзом представляет собой последовательность экзонных областей генома, а транскриптом представляет собой общую мРНК клетки или ткани в данный момент времени.
Что такое Exome?
Гены состоят из экзонов, интронов и регуляторных последовательностей. Экзоны - это области генов, которые транскрибируются в последовательность мРНК во время транскрипции. Интроны и другие некодирующие области удаляются во время транскрипции. Нуклеотидная последовательность экзонов определяет генетический код гена, который синтезирует конкретный кодируемый им белок. В мРНК белка остаются только экзоны. Совокупность экзонов в геноме известна как экзом организма. Он представляет собой часть генома, которая выражена в генах. У человека экзом составляет 1% от генома. Это кодирующая белок часть человеческого генома.
Рисунок 01: Exome
Что такое транскриптом?
Транскриптом представляет собой совокупность всех белок-кодирующих и некодирующих транскриптов (РНК) в данной ткани. Транскриптом представляет собой совокупность всех молекул мРНК, экспрессируемых генами в клетке или ткани. Транскриптом клетки может варьироваться транскриптомом другого типа клеток. Транскриптом также динамичен - он меняется со временем в ответ как на внутренние, так и на внешние раздражители. Даже в пределах одной ткани или одного типа клеток транскриптом может измениться через несколько минут.
Транскриптом отличается от экзома организма. Транскриптом включает только экспрессированные экзомные последовательности. Хотя экзом клетки остается одним и тем же, транскриптом различается между клетками, поскольку экспрессия генов не одинакова для всех клеток или тканей. В разных клетках и тканях экспрессируются только основные гены. Экспрессия генов представляет собой процесс, специфичный для тканей или клеток. Он регулируется различными факторами, в том числе факторами окружающей среды. Поэтому транскриптом может меняться в зависимости от условий внешней среды.
Транскриптом используется в качестве предшественника для протеомных исследований. Все белки происходят из последовательностей мРНК. Трансляционные модификации могут приводить к изменениям в белках. Однако транскриптом предоставляет важную базовую информацию для протеомных исследований.
Рисунок 02: Транскриптом эмбриональных стволовых клеток
В чем разница между Exome и Transcriptome?
Exome против транскриптома |
|
| Экзом представляет собой совокупность кодирующих белок участков генов. | Транскриптом представляет собой совокупность всех транскрибируемых РНК, включая мРНК. |
| Образец | |
| Экзом изучается с использованием образца ДНК. | Транскриптом исследуется с использованием образца РНК. |
| Метод обучения | |
| Полное секвенирование экзома – метод изучения экзома. | Секвенирование РНК – метод изучения транскриптома. |
Резюме – Exome vs Transcriptome
Экзоны представляют собой кодирующие последовательности генов и определяют последовательности мРНК белков. Совокупность этих кодирующих последовательностей (экзонов) известна как экзом организма. Гены транскрибируются в молекулы мРНК перед созданием белков. Общее количество молекул мРНК клетки или ткани в любой момент времени известно как транскриптом. Транскриптом представляет собой гены, которые активно экспрессируются в мРНК в любой момент времени. Транскриптом специфичен для клеток и тканей и зависит от условий окружающей среды. В этом разница между экзомом и транскриптомом.
