Ключевая разница – экзом против секвенирования РНК
Секвенирование нуклеиновых кислот - это метод, который определяет порядок нуклеотидов в определенном фрагменте ДНК или РНК организма. Секвенирование важно для определения состава ДНК и РНК клетки и различения определенных генов, которые кодируют функциональные белки; таким образом, секвенирование можно использовать для понимания мутаций этих генов и экспрессии генов. Метод секвенирования Сэнгера или более продвинутые методы секвенирования следующего поколения являются наиболее часто используемыми методами секвенирования. Секвенирование экзома - это секвенирование полного набора экзонов или кодирующих участков ДНК, присутствующих в организме, тогда как секвенирование РНК - это процедура секвенирования рибонуклеиновых кислот (РНК). В этом ключевое различие между секвенированием экзома и секвенированием РНК.
Что такое секвенирование экзома?
Exome - это часть генома, состоящая из кодирующих генов конкретного организма. Кодирующие гены называются экзонами и транскрибируются в мРНК, а затем транслируются в аминокислотные последовательности. Во время посттранскрипционных модификаций механизм сплайсинга РНК у эукариот удаляет интроны (некодирующие области), а экзоны остаются. Существует два основных метода секвенирования экзома: на основе решения и на основе массива.
При секвенировании экзома в растворе образцы ДНК фрагментируются либо с помощью рестрикционных ферментов, либо механическим способом и денатурируются нагреванием. В этом методе биотинилированные олигонуклеотидные зонды (приманки) используются для селективной гибридизации с целевыми областями генома. На стадии связывания используются магнитные стрептавидиновые шарики. За связыванием следует этап промывки, на котором несвязанные и нецелевые последовательности вымываются. Связанные мишени затем амплифицируют с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР), а затем секвенируют с использованием методов секвенирования Сэнгера или методов секвенирования следующего поколения.
Рисунок 01. Секвенирование экзома
Метод на основе массива также подобен методу на основе раствора, за исключением того, что фрагменты ДНК захватываются в микрочип, а затем следуют этапы связывания и промывки перед секвенированием.
Секвенирование экзома используется во многих приложениях, таких как генетическая диагностика заболеваний, генная терапия, выявление новых генетических маркеров, в сельском хозяйстве для выявления различных полезных агрономических признаков и в процедурах селекции растений.
Что такое секвенирование РНК?
Секвенирование РНК основано на транскриптоме, который представляет собой полный транскрипт клетки. Ключевыми целями секвенирования РНК являются каталогизация всех видов транскриптов, включая мРНК, некодирующие РНК и малые РНК, определение транскрипционной структуры генов и количественная оценка уровней экспрессии каждого транскрипта во время развития. Во время секвенирования РНК для секвенирования первоначально использовались технологии гибридизации (которые представляли собой комплементарную ДНК, полученную из последовательностей зрелой мРНК). В настоящее время для секвенирования РНК используется более точный и продвинутый метод.
Рисунок 02: Секвенирование РНК
При секвенировании РНК образец РНК, который может представлять собой тотальную РНК или фракционированную РНК, преобразуется в комплементарную ДНК (кДНК) с использованием обратной транскрипции, после чего готовится библиотека кДНК. Каждый фрагмент кДНК прикреплен к адаптерам с обеих сторон (парное секвенирование) или с одной стороны (одноконцевое секвенирование). Эти помеченные последовательности секвенированы с использованием секвенирования Сэнгера или следующего поколения, например секвенирования экзома.
Каковы сходства между экзомом и секвенированием РНК?
- Короткие выделенные фрагменты или весь набор ДНК/РНК можно использовать для секвенирования Exome или РНК.
- Секвенированные фрагменты сохраняются в библиотеках.
- Можно использовать секвенирование по Сэнгеру или секвенирование следующего поколения.
- Оба метода секвенирования in vitro.
- Секвенированные фрагменты можно определить по флуоресцентным меткам.
В чем разница между экзомом и секвенированием РНК?
Exome против секвенирования РНК |
|
| Секвенирование экзома - это секвенирование полного набора экзонов или кодирующих участков ДНК, присутствующих в организме. | секвенирование РНК относится к процедуре секвенирования рибонуклеиновых кислот (РНК); транскриптом. |
| Начальный образец | |
| Геномная ДНК является исходным образцом для секвенирования экзома. | РНК является исходным образцом для секвенирования РНК. |
| Композиция | |
| Содержит только кодирующие участки всей ДНК, известные как экзоны | Содержит РНК-мРНК/транскриптом. |
| Секвенирование | |
| Существуют два основных метода секвенирования экзома; технологии на основе решений и массивов. | Секвенирование РНК осуществляется путем подготовки библиотеки кДНК путем выделения полной или фрагментированной РНК. |
Резюме – Экзом против секвенирования РНК
Экзом представляет собой полный набор кодирующих областей организма, и методы, используемые для определения точного порядка нуклеотидов Экзома, известны как секвенирование экзома. Секвенирование РНК - это метод, используемый для определения порядка нуклеотидов РНК организма. В этом разница между секвенированием экзома и РНК.
Загрузить PDF-версию Exome vs RNA Sequencing
Вы можете загрузить PDF-версию этой статьи и использовать ее в автономном режиме в соответствии с примечанием к цитированию. Пожалуйста, загрузите PDF-версию здесь. Разница между экзомом и секвенированием РНК
