Ключевое различие между BLAST и FastA заключается в том, что BLAST - это базовый инструмент выравнивания, доступный на веб-сайте Национального центра биотехнологической информации, а FastA - это инструмент поиска сходства, доступный на веб-сайте Европейского института биоинформатики.
BLAST и FastA - это две программы, которые широко используются для сравнения биологических последовательностей ДНК, аминокислот, белков и нуклеотидов разных видов и поиска их сходства. Эти алгоритмы были написаны с учетом скорости. Потому что, когда в середине 1980-х ученым удалось выделить ДНК в лаборатории, возникла необходимость сравнить и найти идентичные гены для дальнейших исследований с высокой скоростью. Следовательно, эти два программного обеспечения были разработаны таким образом, чтобы пользователь мог выполнять быстрый поиск похожих последовательностей с последовательностями своих запросов.
BLAST - это аббревиатура от Basic Local Alignment Search Tool, которая использует локализованный подход при сравнении двух последовательностей. FastA - это программное обеспечение, относящееся к Fast A, где A означает All. Здесь программное обеспечение работает с такими алфавитами, как Fast A для секвенирования ДНК и Fast P для белков. И BLAST, и FastA очень быстро сравнивают любую базу данных генома и, следовательно, очень жизнеспособны в денежном выражении, а также в плане экономии времени.
Что такое BLAST?
BLAST - одно из наиболее широко используемых программ для биоинформатики, разработанное в 1990 году. С тех пор оно доступно всем на сайте NCBI. Кроме того, любой человек может получить доступ к этому программному обеспечению и использовать его. Более того, BLAST - это программное обеспечение, которому нужны входные данные или последовательности в формате FastA. Но он выдает выходные данные в формате простого текста, HTML или XML. BLAST работает по принципу поиска локализованных сходств между двумя последовательностями и короткого списка похожих последовательностей, а после этого ищет сходства в окрестностях.
Рисунок 01: Результаты BLAST
Таким образом, это программное обеспечение ищет большое количество похожих локальных регионов и выдает результат при достижении порогового значения. Однако этот процесс отличается от более раннего программного обеспечения, которое сначала ищет всю последовательность, а затем выполняет сравнение, и, следовательно, занимает много времени.
Помимо вышеуказанной проверки подобия, BLAST имеет множество других применений, таких как картирование ДНК, сравнение двух идентичных генов у разных видов, создание филогенетического дерева и т. д.
Что такое FastA?
FastA - это программа для выравнивания белковых последовательностей. Дэвид Дж. Липман и Уильям Р. Пирсон описали это программное обеспечение в 1985 году. Хотя первоначально это программное обеспечение использовалось только для сравнения последовательностей белков, его модифицированная версия также могла сравнивать последовательности ДНК. Здесь это программное обеспечение использует принцип статистического поиска сходства между двумя последовательностями. Он сопоставляет одну последовательность ДНК или белка с другой последовательностью методом локального выравнивания последовательностей.
Рисунок 02: FastA
Однако он ищет сходство в локальных регионах, но не наилучшее соответствие между двумя последовательностями. Поскольку это программное обеспечение время от времени сравнивает локализованные сходства, оно также может обнаруживать несоответствия. В последовательности FastA берет небольшую часть, известную как k-кортежи, где кортежи могут быть от 1 до 6 и сопоставляться с k-кортежами другой последовательности. В конце процесса сопоставления, когда он достигает порогового значения, он выдает результат.
В чем сходство между BLAST и FastA?
- BLAST и FastA - это инструменты биоинформатики, используемые для сравнения последовательностей белков и ДНК на предмет сходства.
- Кроме того, обе программы используют стратегию подсчета очков для сравнения последовательностей.
- Более того, оба инструмента дают очень точные результаты.
В чем разница между BLAST и FastA?
BLAST - это инструмент для проверки сходства между биологическими последовательностями. С другой стороны, FastA - это еще одна программа, облегчающая проверку сходства последовательностей белков и ДНК. Однако по сравнению с FastA программное обеспечение BLAST очень популярно, поскольку оно дает более точные и быстрые результаты. Следовательно, в этом разница между BLAST и FastA. Кроме того, в отличие от FastA, программу BLAST можно модифицировать в соответствии с потребностями пользователя. Следовательно, это еще одно отличие BLAST от FastA.
Приведенная ниже инфографика о разнице между BLAST и FastA содержит более подробную информацию.
Резюме – BLAST против FastA
BLAST и FastA - это две программы, которые позволяют пользователю сравнивать свою последовательность запросов с последовательностями в существующих базах данных и проверять сходство. Первоначальной целью FastA было сравнение только белковых последовательностей. Но модифицированная версия этого программного обеспечения облегчает сравнение последовательностей белков и ДНК. Хотя FastA - хорошее программное обеспечение, большинство людей используют инструмент выравнивания BLAST, так как он более популярен и дает более точные и быстрые результаты, чем FastA. Кроме того, инструмент BLAST можно модифицировать в соответствии с требованиями пользователя. Вкратце, это резюмирует разницу между BLAST и FastA.
