Ключевое различие между dNTP и ddNTP заключается в том, что dNTP или дезоксирибонуклеотиды являются строительными блоками ДНК и имеют 3'-OH группу в структуре пентозного сахара, в то время как ddNTP или дидезоксинуклеозидтрифосфаты представляют собой нуклеотиды, у которых отсутствует 3'-OH группа, и они используются в методе дидезокси-секвенирования ДНК по Сэнгеру для получения последовательностей ДНК различной длины.
dNTP и ddNTP являются нуклеотидами. dNTP относится к нуклеотидам дезоксирибозы. Они являются строительными блоками ДНК. dNTP используются для синтеза ДНК. dNTP, с другой стороны, относится к дидезоксинуклеозидтрифосфатам. Они используются в секвенировании по Сэнгеру для терминации синтеза ДНК разной длины. У них отсутствует ОН-группа в 3'-положении. Водород присутствует в положении 3' вместо группы ОН. Следовательно, ddNTP не могут образовывать фосфодиэфирную связь со следующим нуклеотидом. dNTP способен осуществлять синтез ДНК, а ddNTP способен останавливать полимеризацию ДНК.
Что такое dNTP?
dNTP означает дезоксирибонуклеотид или дезоксирибонуклеотид. Это строительный блок ДНК. Существует четыре типа dNTP. Это дАТФ, дТТФ, дЦТФ и дГТФ. Они названы в соответствии с пуриновыми или пиримидиновыми азотистыми основаниями: аденин (A), гуанин (G), тимин (T) и цитозин (C).
Рисунок 01: dNTP
Аденин и гуанин являются пуриновыми основаниями, а тимин и цитозин являются пиримидиновыми основаниями. Пентозный сахар dNTP представляет собой дезоксирибозу. Есть еще фосфатная группа. Следовательно, dNTP состоит из трех компонентов: азотистого основания, сахара дезоксирибозы и фосфатной группы. Эти dNTP соединяются друг с другом через фосфодиэфирные связи. В dNTP есть группа ОН, присоединенная к положению 3' пентозного сахара, которая необходима для образования связи с фосфатной группой, присоединенной к 5'-углероду сахара следующего нуклеотида. Поскольку все dNTP имеют эту 3'-ОН-группу, они способны синтезировать и удлинять нити ДНК. Следовательно, dNTP действует как основная повторяющаяся единица ДНК и химическая материя генов. Синтез ДНК всегда идет от 5ʹ к 3ʹ.
Что такое DdNTP?
Секвенирование по Сэнгеру - это метод секвенирования ДНК первого поколения, разработанный Фредериком Сэнгером и его коллегами в 1977 году. Он также известен как секвенирование с обрывом цепи или дидезокси-секвенирование, поскольку основным принципом этого метода является обрыв цепи с использованием дидезоксинуклеозидтрифосфатов. (ддНТП). ddNTP - это нуклеотиды, используемые в секвенировании по Сэнгеру. Секвенирование по Сэнгеру основано на селективном включении ddNTP и прекращении синтеза ДНК во время репликации ДНК in vitro. Особенность ddNTP заключается в том, что им не хватает 3'-ОН-группы на пентозном сахаре для продолжения образования фосфодиэфирной связи между фосфатной группой 5' в соседнем нуклеотиде. Следовательно, как только ddNTP присоединяется к удлиняющейся цепи, удлинение цепи прекращается и заканчивается в этой точке. ddNTP действуют как ингибиторы ДНК-полимеразы, удлиняющие цепь, во время метода секвенирования по Сэнгеру.
Рисунок 02: ddNTP
Существует четыре ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP и ddTTP, используемые в секвенировании по Сэнгеру. Эти нуклеотиды останавливают процесс репликации ДНК, когда они включаются в растущую цепь ДНК. В результате секвенирование по Сэнгеру дает короткие ДНК разной длины. Капиллярный гель-электрофорез используется для упорядочения этих коротких цепей ДНК по их размерам на геле. ddNTP радиоактивно или флуоресцентно помечены разными цветами для облегчения анализа последовательности ДНК. Анализируя гель, можно определить нуклеотидную последовательность неизвестной цепи ДНК.
В чем сходство между dNTP и DdNTP?
- И dNTP, и ddNTP используются в секвенировании по Сэнгеру.
- Существует четыре типа dNTP и ddNTP.
- Они состоят из трех компонентов: азотистого основания, дезоксирибозного сахара и фосфатных групп.
В чем разница между dNTP и DdNTP?
dNTP является одним из четырех типов дезоксирибонуклеотидов, которые являются строительными блоками ДНК. ddNTP является одним из четырех типов дидезоксирибонуклеозидтрифосфатов, используемых в методе секвенирования по Сэнгеру. dNTP имеет 3'-OH группу на пентозе, в то время как ddNTP не имеет 3'-OH группы на пентозе. Таким образом, это ключевое различие между dNTP и ddNTP. Более того, dNTP осуществляют полимеризацию ДНК, а ddNTP терминируют полимеризацию ДНК. Следовательно, это еще одно важное различие между dNTP и ddNTP.
В приведенной ниже инфографике перечислены различия между dNTP и ddNTP в табличной форме.
Резюме – dNTP против DdNTP
Обычные dNTP являются строительными блоками ДНК, в то время как ddNTP представляют собой нуклеотиды, используемые в методе секвенирования по Сэнгеру. dNTP имеет 3'-OH, а ddNTP не имеет 3'-OH. Таким образом, это ключевое различие между dNTP и ddNTP. Кроме того, dNTP может синтезировать цепь ДНК, в то время как ddNTP может обрывать полимеризацию ДНК. Поэтому ddNTP используются в секвенировании по Сэнгеру для получения разных цепей ДНК разной длины. Во время секвенирования по Сэнгеру включаются как dNTP, так и ddNTP.
