Ключевое различие между рестрикционными ферментами EcoRI и HindIII заключается в том, что EcoRI представляет собой рестрикционный фермент II типа, выделенный из E. coli, а HindIII представляет собой рестрикционный фермент II типа, выделенный из Haemophilus influenza.
Рестрикционный фермент или эндонуклеаза рестрикции - это фермент, расщепляющий ДНК на фрагменты в определенных сайтах узнавания (сайтах рестрикции) внутри молекулы ДНК. Эти рестрикционные ферменты обнаружены у бактерий и архей. Они обеспечивают механизм защиты от вторжения вирусов. Ферменты рестрикции обычно подразделяют на пять различных типов: тип I, тип II, тип III, IV и тип V. EcoRI и HindIII представляют собой два рестрикционных фермента, принадлежащих к группе рестрикционных ферментов II типа.
Что такое ферменты рестрикции EcoRI?
EcoRI представляет собой фермент рестрикции II типа, выделенный из видов E.coli. Это фермент рестрикции, который расщепляет двойные спирали ДНК на фрагменты в определенных местах. EcoRI также является частью системы ограничения-модификации. EcoRI был первым ферментом, первоначально выделенным из штамма RY13 вида E. coli. Он используется в качестве рестрикционного фермента в молекулярной биологии. EcoRI создает липкие концы из 4 нуклеотидов с 5'-концевыми выступами AATT. EcoRI разрезает ДНК по специфической последовательности распознавания G↓AATTC. Он имеет палиндромную комплементарную последовательность CTTAA↓G. Более того, этот фермент рестрикции относится к подклассу P типа II (палиндромная специфичность). В своей первичной структуре EcoRI содержит мотив PD. D/EXK в своем активном центре, как и многие другие ферменты рестрикции.
Рисунок 01: EcoRI
Рестрикционный фермент EcoRI представляет собой гомодимер с молекулярной массой 31 кДа. Он содержит один глобулярный домен архитектуры α/β. Каждая субъединица содержит петлю, которая выходит из глобулярного домена и при связывании обвивает ДНК. Этот фермент может быть сокристаллизован с последовательностью, которую он обычно разрезает. Кроме того, фермент рестрикции EcoRI используется в широком спектре молекулярно-генетических методов, включая клонирование, скрининг ДНК и удаление участков ДНК в условиях in vitro.
Что такое ферменты рестрикции HindIII?
HindIII представляет собой фермент рестрикции II типа, выделенный из видов Haemophilus influenza. Он расщепляет палиндромную последовательность ДНК AACCTT в присутствии кофактора Mg2+ посредством гидролиза. Расщепление этой конкретной последовательности между AA’S (5’A↓ACCTT3’ и 3’TTCGA↓A5’) приводит к образованию 5’-выступов на молекуле ДНК, называемых липкими концами. Этот фермент обнаружен в прокариотических организмах, таких как бактерии. Бактерии используют этот фермент в качестве защитного механизма от вирусов, таких как бактериофаги.
Рисунок 02: HindIII
Структурно HindIII представляет собой гомодимер. Он содержит общее структурное ядро, состоящее из четырех β-листов и одной α-спирали, как и другие рестриктазы II типа. Молекулярная масса этого фермента составляет 34,9 кДа. Кроме того, HindIII очень полезен в современных молекулярно-биологических научных экспериментах, таких как секвенирование и картирование ДНК.
Каковы сходства между ферментами рестрикции EcoRI и HindIII?
- EcoRI и HindIII представляют собой два рестрикционных фермента, принадлежащих к группе рестрикционных ферментов типа II.
- EcoRI и HindIII были обнаружены в начале 1970-х.
- EcoRI и HindIII содержат мотив аминокислотной последовательности PD.. D/EXK.
- Оба рестриктазы выполняют очень специфическое расщепление ДНК.
- Эти рестриктазы нуждаются в Mg2+ в качестве кофактора для своей специфической активности.
- Они образуют липкие концы после разрезания ДНК.
- Они являются очень полезными компонентами в современных молекулярно-биологических исследованиях.
В чем разница между ферментами рестрикции EcoRI и HindIII?
EcoRI представляет собой фермент рестрикции II типа, который выделяют из видов E.coli, а HindIII представляет собой фермент рестрикции II типа, который выделяют из видов Haemophilus influenza. Таким образом, в этом ключевое отличие EcoRI от HindIII. Кроме того, EcoRI разрезает ДНК по специфической последовательности распознавания G↓AATTC, а HindIII разрезает ДНК по специфической последовательности распознавания A↓ACCTT.
Приведенная ниже инфографика представляет различия между EcoRI и HindIII в табличной форме для параллельного сравнения.
Резюме – EcoRI против ферментов рестрикции HindIII
EcoRI и HindIII представляют собой два рестрикционных фермента, принадлежащих к подклассу p типа II. Они выполняют очень специфическое расщепление ДНК. EcoRI представляет собой фермент рестрикции II типа, который выделяют из видов E.coli, тогда как HindIII представляет собой фермент рестрикции типа II, который выделяют из видов Haemophilus influenza. Итак, это резюмирует разницу между EcoRI и HindIII.
