Ключевое различие между профилированием полисом и профилированием рибосом заключается в том, что профилирование полисом анализирует поведение рибосом, используя как рибосомы, так и мРНК (полисомы) во время трансляции, в то время как профилирование рибосом анализирует поведение рибосом только с использованием последовательности мРНК во время трансляции.
Трансляция - это вторая фаза синтеза белка, которая преобразует информацию, содержащуюся в мРНК, в последовательность аминокислот. Транслатомика - это исследование ОРС (открытых рамок считывания), которые активно транслируются в клетке организма. Методы профилирования полисом и рибосом представляют собой два типа методов в области молекулярной биологии для оценки и вывода различных параметров в контексте анализа транслатома.
Что такое профилирование полисом?
Профилирование полисом - это метод, который определяет статус трансляции конкретной мРНК путем анализа поведения как рибосомы, так и мРНК (полисомы). Другими словами, этот метод позволяет получить данные и выводы об ассоциации мРНК с рибосомами. Полисома относится к группе рибосом, связанных с мРНК, которая присутствует во время фазы элонгации трансляции.
Рисунок 01: Профилирование полисом
Для профилирования полисом требуется клеточный лизат, который затем центрифугируют. Затем центрифугированный образец разделяют на основе их плотности, чтобы охарактеризовать малые и большие субъединицы рибосом и соответствующие мРНК, участвующие в формировании полисомы. Кроме того, процесс также включает измерение оптической плотности. Для профилирования полисом требуются эксперты.
Техника профилирования полисом является важным инструментом для многих приложений. Ученые используют эту технику для изучения степени трансляции в клетках. В частности, это инструмент для предоставления точной информации об изучении отдельных белков и их специфических мРНК. В контексте изучения степени трансляции конкретной мРНК метод профилирования полисом жизненно важен. Здесь можно исследовать 3’- и 5’-последовательности мРНК в отношении их влияния на количество продуцируемой мРНК и уровень трансляции..
Что такое профилирование рибосом?
Профилирование рибосом - это метод, который анализирует поведение рибосомы по отношению к ее мРНК во время трансляции. Эта техника была найдена и разработана Джоан Стейц и Мэрилин Козак. Позже эта технология была доработана двумя учеными, Николасом и Джонатаном, в сочетании с секвенированием следующего поколения, что привело к разработке различных связанных методов, таких как методология трансляционной аффинной очистки рибосом (TRAP).
Рисунок 02: Секвенирование рибосом
Процедура профилирования рибосом включает выделение мРНК, удаление РНК, не связанной с рибосомами, и отделение мРНК, связанной с рибосомами. Следуя этой процедуре, изолят мРНК подвергается обратной транскрипции, и происходит синтез кДНК. Наконец, данные о последовательности можно сопоставить с трансляционным профилем, чтобы вывести характеристики поведения рибосомы по отношению к мРНК.
Рибосомное профилирование помогает многим исследователям идентифицировать и делать выводы о расположении стартовых сайтов трансляции, комплементарности транслируемых открытых рамок считывания (ОРС) в клетке или ткани, распределении рибосом на мРНК и скорости транслирующие рибосомы. Рибосомное профилирование также известно как рибосомный след или Ribo Seq..
Каковы сходства между профилированием полисом и профилированием рибосом?
- Полисомное и рибосомное профилирование являются важными в исследованиях методами молекулярной биологии.
- Они предоставляют информацию о процессе перевода.
- Оба процесса профилирования предоставляют данные посредством анализа транслатома.
- Профессиональные эксперты необходимы для выполнения обоих методов для получения точных результатов.
- Инструменты биоинформатики играют важную роль в обоих методах.
В чем разница между профилированием полисом и профилированием рибосом?
Профилирование полисом анализирует поведение рибосом, используя как рибосомы, так и мРНК (полисомы) во время трансляции, в то время как профилирование рибосом анализирует поведение рибосом, используя только последовательность мРНК во время трансляции. Таким образом, в этом ключевое различие между профилированием полисом и профилированием рибосом. Более того, профилирование полисом включает такие методы, как центрифугирование в градиенте плотности и измерение оптической плотности, в то время как профилирование рибосом включает методы выделения мРНК и секвенирования. Кроме того, профилирование рибосом более точно, чем профилирование полисом.
Приведенная ниже инфографика представляет различия между профилированием полисом и рибосом в табличной форме для параллельного сравнения.
Резюме – Профилирование полисом против профилирования рибосом
Трансляция - это вторая фаза синтеза белка, которая включает преобразование информации о последовательности мРНК в последовательность аминокислот. Для этого процесса требуется матрица мРНК, рибосомы, аминокислоты, тРНК и другие факторы. Профилирование полисом и рибосом - это два молекулярных метода. Профилирование полисом анализирует поведение рибосом, используя как рибосомы, так и мРНК (полисомы) во время трансляции, в то время как профилирование рибосом анализирует поведение рибосом только с использованием последовательности мРНК во время трансляции. Профилирование полисом включает такие методы, как центрифугирование в градиенте плотности и измерение оптической плотности. Профилирование рибосом включает в себя такие методы, как выделение мРНК, синтез кДНК и секвенирование. Итак, это суммирует разницу между профилированием полисом и профилированием рибосом.
