Ключевое различие между рандомными праймерами и oligo dT заключается в том, что рандомный праймер представляет собой смесь всех возможных последовательностей гексамерных олигонуклеотидов, в то время как олиго dT праймер состоит из одноцепочечного фрагмента из 12–18 дезокситимидинов.
Обратная транскрипция представляет собой механизм, при котором кДНК может быть синтезирована с использованием мРНК или любых видов РНК. Для получения кДНК необходимо предоставить фермент обратной транскриптазы и другие необходимые компоненты, особенно матрицу и праймеры. Праймеры представляют собой короткие последовательности ДНК, специально предназначенные для амплификации последовательностей-мишеней. Случайные праймеры и олиго-dT-праймеры представляют собой два распространенных типа праймеров, используемых в обратной транскрипции. Следовательно, случайный праймер или олиго-dT-праймер представляют собой короткие олигонуклеотидные последовательности ДНК, необходимые для того, чтобы обратная транскриптаза инициировала обратную транскрипцию. В зависимости от матрицы РНК подходящий праймер может быть выбран из этих двух типов праймеров.
Что такое случайные праймеры?
Случайный праймер представляет собой смесь олигонуклеотидов, представляющих все возможные последовательности гексамеров. Последовательность праймеров случайного праймера: 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T или C. Таким образом, случайные праймеры можно использовать для амплификации одноцепочечной ДНК или РНК с помощью ДНК-полимеразы или обратной транскриптазы. соответственно. Кроме того, случайная смесь праймеров способна амплифицировать все участки РНК с образованием кДНК. Таким образом, он производит кДНК различной длины.
Рисунок 01: Случайные праймеры
Самое главное, случайная смесь праймеров не проявляет специфичности матрицы. Он не способен различать мРНК и другие виды РНК. И он отжигает любые виды РНК в образце. Однако случайная смесь праймеров подходит для обратной транскрипции РНК без поли(А)-хвостов, таких как рРНК, тРНК, некодирующие РНК, малые РНК, прокариотические мРНК и т. д., деградированные РНК и РНК с известной вторичной структурой.
Что такое Oligo dT?
Oligo dT праймер представляет собой растяжку из 12–18 дезокситимина (dT). Последовательность праймера может быть представлена как 5´-d (ТТТ ТТТ ТТТ ТТТ ТТТ ТТТ)-3. Он используется для получения кДНК из мРНК, содержащей поли(А)-хвост. По сути, он действует как праймер для реакции, катализируемой обратной транскриптазой. Во время обратной транскрипции праймер oligo dT отжигает полиаденилированный хвост, обнаруженный на 3'-конце большинства эукариотических мРНК, и запускает процесс..
Рисунок 02: Обратная транскрипция с использованием праймера Oligo dT
В отличие от случайного праймера, олиго-dT праймер не подходит для деградированных РНК или РНК, не имеющих поли(А)-хвостов, включая прокариотические РНК и микроРНК.
Каковы сходства между случайными праймерами и Oligo dT?
- Случайный праймер и олиго-dT праймер представляют собой два типа праймеров, которые используются в обратной транскрипции и создании кДНК.
- Совместное использование случайного праймера и олиго-dT праймера повышает чувствительность синтеза кДНК.
- Они представляют собой одноцепочечные короткие последовательности нуклеотидов.
В чем разница между случайными праймерами и Oligo dT?
Случайный праймер представляет собой короткую олигонуклеотидную последовательность, состоящую из случайной последовательности. Между тем, праймер oligo dT представляет собой короткую цепь, состоящую из 12–18 дезокситимидинов. Итак, в этом ключевое отличие случайных праймеров от oligo dT. Последовательность случайного праймера 5´-d (NNNNNN)–3´N=G, A, T или C. Тогда как последовательность олиго-dT праймера 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Следовательно, мы можем рассматривать это как еще одно различие между случайными праймерами и oligo dT.
Более того, случайные праймеры не проявляют специфичности к матрице, и они отжигаются с любыми видами РНК, в то время как олиго-dT праймеры проявляют специфичность к поли(А)-хвостам эукариотической мРНК.
Приведенная ниже инфографика обобщает разницу между случайными праймерами и oligo dT.
Резюме – Случайные праймеры против Oligo dT
Случайный праймер и олиго-dT праймер представляют собой два типа праймеров, используемых в синтезе кДНК. Случайный праймер состоит из смеси олигонуклеотидов, представляющих все возможные последовательности гексамеров, в то время как олиго-dT праймер представляет собой одноцепочечную последовательность из 12-18 дезокситимидинов. Итак, в этом ключевое отличие случайных праймеров от oligo dT. Кроме того, олиго-dT-праймеры пригодны для обратной транскрипции полноразмерной РНК с поли(А)-хвостом, в то время как случайные праймеры пригодны для обратной транскрипции большинства видов РНК, включая деградированную РНК, РНК без поли(А)-хвоста и РНК, содержащую вторичные структуры. Таким образом, случайный праймер не проявляет специфичности к матрице, в то время как праймер oligo dT проявляет специфичность к эукариотической мРНК, содержащей поли(А)-хвост.
