Ключевое различие между NGS и WGS заключается в том, что секвенирование нового поколения (NGS) представляет собой массово-параллельную технологию секвенирования второго поколения, которая отличается высокой производительностью, низкой стоимостью и скоростью, в то время как секвенирование всего генома (WGS) комплексный метод анализа всей геномной ДНК клетки за один раз с использованием методов секвенирования, таких как секвенирование по Сэнгеру, дробовик или высокопроизводительное секвенирование NGS.
За последние несколько десятилетий понимание генома человека и других животных значительно возросло благодаря открытию методов быстрого секвенирования и инструментов биоинформатики. Традиционные методы секвенирования, такие как секвенирование по Сэнгеру, имели свои ограничения, что потребовало разработки новых методов быстрого секвенирования, таких как секвенирование следующего поколения (NGS) и секвенирование с нанопорами. Техника полногеномного секвенирования (WGS) - это новейший подход, который уже используется во многих геномных исследовательских проектах, таких как геномный проект 100 000 компании Genomic England, Великобритания. Итак, NGS и WGS - это два метода секвенирования, которые в настоящее время используются во многих геномных проектах.
Что такое NGS?
NGS (секвенирование следующего поколения) - это массово-параллельная технология секвенирования второго поколения, отличающаяся высокой пропускной способностью, низкой стоимостью и скоростью. Точного определения секвенирования следующего поколения не существует. Но мы можем четко отличить его от обычных методов секвенирования на основе капилляров. Секвенирование следующего поколения позволяет секвенировать молекулу ДНК с общим размером более 1 миллиона пар оснований в одном эксперименте. Он предлагает беспрецедентную скорость и возможности высокой пропускной способности, такие как возможность одновременного секвенирования ДНК нескольких людей. Это достигается за счет миниатюризации объема отдельных реакций секвенирования. Кроме того, это также ограничивает размер инструментов и минимизирует стоимость реагентов на реакцию.
Рисунок 01: Платформы NGS
NGS - метод быстрого секвенирования, который уже произвел революцию в области биологических исследований. Кроме того, NGS применяется в различных областях, таких как секвенирование генома de novo, секвенирование всего генома, анализ транскриптома, секвенирование малых РНК и микроРНК, целевое повторное секвенирование и секвенирование всего экзома..
Что такое WGS?
WGS (полногеномное секвенирование) - это комплексный метод анализа всей геномной ДНК клетки за один раз с использованием таких методов секвенирования, как секвенирование по Сэнгеру, дробовик или высокопроизводительное секвенирование NGS. Он также известен как полногеномное секвенирование или секвенирование полного генома. Полногеномное секвенирование предполагает одновременное секвенирование всей хромосомной ДНК организма, а также ДНК в митохондриях, а у растений - ДНК в хлоропластах. WGS позволяет ученым прочитать точную последовательность всех букв, составляющих полный набор ДНК. Ожидается, что WGS, использующая платформу NGS, произведет революцию в клинической настройке.
Рисунок 02: Сравнение WGS и иерархической дробовой последовательности
Полногеномное секвенирование было введено в клиническую практику в 2014 году. Кроме того, применение WGS включает секвенирование генов на уровне SNP для точного определения функциональных вариантов в ассоциативных исследованиях, терапевтическом вмешательстве в персонализированную медицину, эволюционной биологии, сравнительном геномном анализе., исследования мутаций и перестроек, исследования ассоциаций редких вариантов, а также прогнозирование восприимчивости к заболеваниям и ответа на лекарства.
В чем сходство между NGS и WGS?
- NGS и WGS - это два метода секвенирования.
- Оба метода секвенируют ДНК или РНК.
- Эти методы являются новыми и надежными.
- Они оба используются для диагностики заболеваний и открытия лекарств.
В чем разница между NGS и WGS?
NGS - это массово-параллельная технология секвенирования второго поколения, обладающая высокой пропускной способностью, низкой стоимостью и скоростью, в то время как WGS - это комплексный метод анализа всей геномной ДНК клетки за один раз с использованием таких методов секвенирования, как как секвенирование по Сэнгеру, метод дробовика или высокопроизводительное секвенирование NGS. Итак, в этом ключевое отличие NGS от WGS. Кроме того, NGS состоит только из методов секвенирования второго поколения, тогда как WGS состоит из методов секвенирования первого, второго и третьего поколений.
В следующей таблице представлены различия между и NGS и WGS в табличной форме для параллельного сравнения.
Резюме – NGS против WGS
В последние десятилетия в современных молекулярных исследованиях регулярно применялись различные методы секвенирования. И даже они являются очень мощными инструментами для многих клинических применений. NGS и WGS - это два метода секвенирования, которые в настоящее время используются во многих геномных проектах. NGS - это технология секвенирования второго поколения, отличающаяся высокой производительностью, низкой стоимостью и скоростью. С другой стороны, WGS - это метод анализа всей геномной ДНК или полной геномной ДНК клетки за один раз с использованием методов секвенирования, таких как секвенирование по Сэнгеру, дробовик или высокопроизводительное секвенирование NGS. Итак, это краткое изложение различий между NGS и WGS.
