Ключевое различие между синтенией и коллинеарностью заключается в том, что синтения - это физическая совместная локализация генетических локусов на одной и той же хромосоме у видов, тогда как коллинеарность - это физическая совместная локализация генетических локусов на одной и той же хромосоме у разных видов, сохраняющая тот же порядок.
Синтения и коллинеарность - два термина, которые взаимозаменяемо используются в геномике. Оба термина описывают паттерны локализации генов на хромосомах у разных видов. Эти родственные расположения генов среди таксонов являются ценной информацией при выводе об общем происхождении генов. Синтения относится к физической совместной локализации генетических локусов на одной и той же хромосоме у видов. Коллинеарность относится к физической совместной локализации генетических локусов на одной и той же хромосоме у разных видов, сохраняющих один и тот же порядок. Следовательно, это форма синтении.
Что такое Synteny?
У разных видов существует набор генов, расположенных на одной и той же хромосоме. И эта физическая совместная локализация генов на одной и той же хромосоме у разных видов известна как синтения. Кроме того, эти гены находятся очень близко друг к другу на одной хромосоме. Порядок генов может не обязательно быть одинаковым. Но при синтении имеет место локализация генов рядом друг с другом на одной хромосоме. Следовательно, синтения в основном описывает характер распределения генов на хромосоме. Эти модели совместной локализации генов указывают на отношения между разными видами и их эволюцией. Однако синтения может быть нарушена из-за хромосомных перестроек, таких как транслокации, инверсии и слияние хромосом и т. д., дупликации, потери и неравной гомологичной рекомбинации.
Рисунок 01: Синтения
Считается, что все сцепленные гены являются синтетическими. Однако не все синтетические гены обязательно сцеплены. Имеют общие последовательности хромосом. У людей много синтетических генов с другими млекопитающими. Более того, многие злаки имеют синтетические гены.
Что такое коллинеарность?
Коллинеарность - более специфическая форма синтении, при которой набор генов располагается на одной и той же хромосоме у разных видов в том же порядке, что и у предковых видов. Следовательно, если есть отклонение от коллинеарности, это будет более надежным филогенетическим признаком, поскольку коллинеарность объясняет общее происхождение генов.
Рисунок 02: Коллинеарность
Многосторонний анализ коллинеарности предоставляет гораздо более достоверную информацию о родственных видах и их филогении.
Каковы сходства между синтенией и коллинеарностью?
- И в синтении, и в коллинеарности набор локусов у двух разных видов расположен на одной и той же хромосоме.
- Эти термины описывают физическую совместную локализацию генетических локусов на одной и той же хромосоме.
- Коллинеарность – это более конкретная форма синтении.
- Иногда оба термина взаимозаменяемы в геномике.
- Если две области имеют коллинеарность, они, очевидно, являются синтенными.
- Они полезны для определения филогении.
В чем разница между синтенией и коллинеарностью?
Синтения и коллинеарность - два термина, которые взаимозаменяемо используются в геномике. Синтения относится к физической совместной локализации набора генов в одной и той же хромосоме у разных видов. Коллинеарность - это форма синтении, при которой набор генов локализован в одном и том же порядке среди разных видов. Следовательно, в этом ключевое отличие синтении от коллинеарности.
Резюме – Synteny против коллинеарности
Термины синтения и коллинеарность относятся к набору генов, расположенных на одной и той же хромосоме у разных видов. Фактически эти гены локализованы в одной и той же хромосоме у разных видов. Синтения описывает физическую совместную локализацию набора генов на одной и той же хромосоме у разных видов, в то время как коллинеарность - это более специфическая форма синтении, при которой набор генов совместно локализован в одном и том же порядке. Таким образом, это суммирует разницу между синтенией и коллинеарностью.
