Ключевое различие между контигом и каркасом заключается в том, что контиг не имеет пробелов, в то время как каркас состоит из контигов и пробелов.
Секвенирование генома многоклеточных организмов очень сложно по сравнению с секвенированием одноклеточных организмов. Полногеномное секвенирование дробовиком - это простой и быстрый метод секвенирования генома многоклеточных геномов. Это метод, который параллельно секвенирует множество перекрывающихся фрагментов ДНК. В этом методе маленькие фрагменты собираются в более крупные фрагменты, а затем в более крупные контиги с помощью компьютера. Затем контиги собираются в каркасы и, наконец, в хромосому. Таким образом, контиг представляет собой непрерывный участок нуклеотидной последовательности, а каркас представляет собой часть генома, состоящую из контигов и пробелов. И контиг, и каркас представляют собой реконструированные геномные последовательности.
Что такое Contig?
Contig - это геномная последовательность. Это непрерывный участок последовательностей, состоящий из оснований A, C, G и T. Он формируется путем объединения нескольких небольших перекрывающихся фрагментов ДНК в более длинную последовательность. Проще говоря, контиг - это совокупность набора фрагментов последовательности. Создание Contig включает идентификацию перекрывающихся фрагментов последовательности на основе локальных методов сопоставления строк и выравнивания, которые определяют перекрывающиеся концы последовательностей.
Контиги не имеют пробелов. Это часть эшафота. Контиги соединяются вместе при создании каркаса. Для этого требуется дополнительная информация об относительном положении и ориентации контигов в геноме. Промежутки разделяют контиги в каркасе. По сути, сборка контигов является важным шагом в секвенировании дробовика всего генома. Наконец, контиги собираются в полную геномную последовательность. Сборка Contig обычно требует понимания алгоритмов сопоставления строк и выравнивания последовательностей.
Что такое эшафот?
Скаффолд представляет собой реконструированную геномную последовательность из полногеномных клонов дробовика с конечной последовательностью. Структурно скаффолд состоит из контигов и щелей. Следовательно, каркасы создаются путем объединения контигов в цепочку и разделения их промежутками. Для создания скаффолда нужна информация об относительном положении и ориентации контигов в геноме. Полногеномная сборка нацелена на представление каждой геномной последовательности в одном каркасе. Но это не совсем возможно. Следовательно, одна хромосома может быть представлена несколькими скаффолдами. Иногда скаффолды могут перекрываться. Более того, некоторые леса можно отфильтровать при сборке.
Рисунок 02: Обзор полногеномной сборки дробовика
Длина зазора лесов не показывает его истинную длину. Как правило, промежутки произвольно устанавливаются на определенную фиксированную длину. Следовательно, эти пробелы и неопределенность в их длине создают проблемы для понимания истинных пространственных отношений функциональных элементов в геномах и фактического объема недостающей информации. Иногда пробелы представляют собой недостающую геномную информацию.
В чем сходство Contig и Scaffold?
- Контиг и каркас представляют собой геномные последовательности, состоящие из последовательностей нуклеотидов.
- Скаффолды состоят из контигов и пробелов.
В чем разница между Contig и эшафотом?
Контиг - это непрерывная последовательность, собранная из набора фрагментов последовательности. Напротив, скаффолд представляет собой часть геномной последовательности, реконструированную путем объединения контигов в цепочку. Итак, в этом ключевое различие между контигом и эшафотом. Более того, контиги не имеют пробелов, в то время как контиги в скаффолде разделены пробелами.
Ниже в инфографике представлены дополнительные различия между контигами и эшафотами.
Резюме – Contig vs Scaffold
И контиг, и каркас представляют собой реконструированные нуклеотидные последовательности в проектах полногеномного секвенирования. Contig представляет собой непрерывный участок геномной последовательности, содержащий основания A, C, G и T без пробелов. Каркас представляет собой геномную последовательность, состоящую из контигов и пробелов. Следовательно, компоненты кратчайшей сборки представляют собой контиги, а каркасы представляют собой сборки контигов. Наконец, каркасы собираются в хромосомы при полногеномном секвенировании. Таким образом, это резюмирует разницу между contig и скаффолдом.
