Основное различие между линкером и адаптером заключается в том, что у линкера нет связанных концов, а у адаптера есть один связанный конец.
Лигирование ДНК - это процесс соединения двух молекул ДНК вместе с образованием фосфодиэфирных связей. Фермент, называемый ДНК-лигаза, катализирует эту реакцию. Это один из важнейших шагов в современных областях молекулярной биологии, таких как технология рекомбинантной ДНК и клонирование ДНК. Эффективность лигирования зависит от концов лигируемых молекул ДНК. Есть два типа концов ДНК: липкие концы и тупые концы. Эффективность лигирования выше с липкими концами, чем с тупыми концами. Если молекулы ДНК-мишени имеют тупые концы, будут полезны молекулы, называемые адаптерами или линкерами. Адаптеры и линкеры представляют собой химически синтезированные молекулы олигонуклеотидов, которые помогают в лигировании ДНК. У них также есть внутренние рестрикционные сайты. Адаптер имеет один липкий конец и один тупой конец, а линкер имеет два тупых конца.
Что такое линкер?
Линкер представляет собой химически синтезированную олигонуклеотидную последовательность, которая является двухцепочечной. Линкер имеет два тупых конца. Линкер используется для лигирования молекул ДНК с тупыми концами к векторам. Он содержит один или несколько внутренних сайтов рестрикции. Эти сайты рестрикции работают как сайты распознавания для ферментов рестрикции.
Рисунок 01: Линкер
После лигирования ДНК снова подвергается рестрикции с помощью ферментов рестрикции для получения когезионных концов. Обычно используются EcoRI-линкеры и линкеры sal-I.
Что такое адаптер?
Адаптер представляет собой двухцепочечную олигонуклеотидную последовательность, используемую для соединения двух молекул ДНК. Это короткая последовательность с одним тупым концом и одним липким или связным концом. Поэтому он состоит из одноцепочечного хвоста на одном конце, что повышает эффективность лигирования ДНК.
Рисунок 02. Лигирование ДНК с помощью адаптера
Кроме того, адаптер имеет внутренние сайты рестрикции. Следовательно, после лигирования ДНК может быть рестриктирована с помощью соответствующих рестрикционных ферментов, чтобы создать новый выступающий конец. Одним из недостатков адаптеров является то, что два адаптера могут образовывать диммеры путем сопряжения оснований друг с другом. Этого можно избежать, обрабатывая их ферментом, называемым щелочной фосфатазой.
В чем сходство между линкером и адаптером?
- И линкер, и адаптер представляют собой двухцепочечные короткие олигонуклеотидные последовательности.
- Они имеют внутренние рестрикционные сайты.
- Более того, они представляют собой химически синтезированные молекулы ДНК и являются синтетическими молекулами.
- Они могут связать вместе две молекулы ДНК.
- После лигирования линкеров и адаптеров ДНК снова рестриктируют ферментами рестрикции, чтобы получить липкие концы.
В чем разница между линкером и адаптером?
Линкер представляет собой химически синтезированный короткий олигонуклеотидный дуплекс с двумя тупыми концами. Адаптер представляет собой химически синтезированный короткий олигонуклеотидный дуплекс с одним липким концом и одним тупым концом. Таким образом, это ключевое различие между линкером и адаптером. Более того, адаптеры могут образовывать димеры, а линкеры не образуют димеров. Итак, это еще одно существенное различие между компоновщиком и адаптером.
Ниже приведена таблица различий между компоновщиком и адаптером.
Резюме – Компоновщик против адаптера
Линкер и адаптер представляют собой два типа химически синтезированных олигонуклеотидов, которые можно использовать для лигирования ДНК с тупыми концами. Линкер имеет два тупых конца, а адаптер имеет один тупой конец и один когезивный конец. Итак, в этом ключевое различие между компоновщиком и адаптером. Это двухцепочечные молекулы с внутренними сайтами рестрикции. Они широко используются в технологии рекомбинантных ДНК и клонировании ДНК.
